MirGeneDB ID | Tni-Mir-153-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-153 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCAUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tni-mir-153a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-153-P2a Tni-Mir-153-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-153-P1 Ami-Mir-153-P1 Asu-Mir-153 Bfl-Mir-153 Bla-Mir-153 Bpl-Mir-153 Bta-Mir-153-P1 Cfa-Mir-153-P1 Cgi-Mir-153 Cin-Mir-153 Cli-Mir-153-P1 Cmi-Mir-153-P1 Cpi-Mir-153-P1 Cpo-Mir-153-P1 Cte-Mir-153 Dma-Mir-153 Dno-Mir-153-P1 Dpu-Mir-153 Ete-Mir-153-P1 Gga-Mir-153-P1 Gja-Mir-153-P1 Gmo-Mir-153-P1b Hsa-Mir-153-P1 Isc-Mir-153 Lan-Mir-153 Lch-Mir-153-P1 Lgi-Mir-153 Loc-Mir-153-P1 Mal-Mir-153-P1b Mdo-Mir-153-P1 Mml-Mir-153-P1 Mmu-Mir-153-P1 Mun-Mir-153-P1 Npo-Mir-153 Oan-Mir-153-P1 Obi-Mir-153 Ocu-Mir-153-P1 Ovu-Mir-153 Pbv-Mir-153-P1 Pfl-Mir-153 Pma-Mir-153-o1 Pmi-Mir-153 Rno-Mir-153-P1 Sha-Mir-153-P1 Sko-Mir-153 Sme-Mir-153 Spt-Mir-153-P1 Spu-Mir-153 Sto-Mir-153-P1 Tgu-Mir-153-P1 Xbo-Mir-153 Xtr-Mir-153-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
15: 948753-948813 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUUACCAGCUAAACUAGCGGUUGCCAGUGUCAUUUUUUGUGAUGUUGCAGCUAGUAAUAUAAGCCAAGUUGCAUAGUCACAAAAGUGAUCAUUGGAAACUGUGACUCUGCAACCAGGGGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUUACCAGCUAAACUA- G -| U GU AGUAAU GCGGUU CCAGUG UCAUUUUU GUGAU UGCAGCU A UGUCAA GGUUAC AGUGAAAA CACUG ACGUUGA U GGGGGACCAACGUCUCAG A U^ - AU ACCGAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tni-Mir-153-P1b_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAUUUUUUGUGAUGUUGCAGCU -23
Get sequence
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Mature sequence | Tni-Mir-153-P1b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0003012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UUGCAUAGUCACAAAAGUGAUC -61
Get sequence
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