MirGeneDB ID | Xla-Mir-153-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-153 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCAUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-153-P1d Xla-Mir-153-P2c Xla-Mir-153-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-153-P1 Ami-Mir-153-P1 Asu-Mir-153 Bfl-Mir-153 Bla-Mir-153 Bpl-Mir-153 Bta-Mir-153-P1 Cfa-Mir-153-P1 Cgi-Mir-153 Cin-Mir-153 Cli-Mir-153-P1 Cmi-Mir-153-P1 Cpi-Mir-153-P1 Cpo-Mir-153-P1 Cte-Mir-153 Dma-Mir-153 Dno-Mir-153-P1 Dpu-Mir-153 Ete-Mir-153-P1 Gga-Mir-153-P1 Gja-Mir-153-P1 Hsa-Mir-153-P1 Isc-Mir-153 Lan-Mir-153 Lch-Mir-153-P1 Lgi-Mir-153 Loc-Mir-153-P1 Mdo-Mir-153-P1 Mml-Mir-153-P1 Mmu-Mir-153-P1 Mun-Mir-153-P1 Npo-Mir-153 Oan-Mir-153-P1 Obi-Mir-153 Ocu-Mir-153-P1 Ovu-Mir-153 Pbv-Mir-153-P1 Pfl-Mir-153 Pma-Mir-153-o1 Pmi-Mir-153 Rno-Mir-153-P1 Sha-Mir-153-P1 Sko-Mir-153 Sme-Mir-153 Spt-Mir-153-P1 Spu-Mir-153 Sto-Mir-153-P1 Tgu-Mir-153-P1 Xbo-Mir-153 Xtr-Mir-153-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030734.1: 14000822-14000881 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUUUGCCAGCUAAUUAGCAGUUGCCAGUGUCAUUUUUGUGACGUUGCAGCUAGUAAUAUGAGCCCAGUUGCAUAGUCACAAAAGUGAUUAUUGGAAACUGUCACACCUCUGCGGGGGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUUUGCCAGCUAAUUA- G -| GU AGUAAU GCAGUU CCAGU GUCAUUUUUGUGAC UGCAGCU A UGUCAA GGUUA UAGUGAAAACACUG ACGUUGA U CAGGGGGCGUCUCCACAC A U^ AU CCCGAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Xla-Mir-153-P1c_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAUUUUUGUGACGUUGCAGCU -22
Get sequence
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Mature sequence | Xla-Mir-153-P1c_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UUGCAUAGUCACAAAAGUGAUU -60
Get sequence
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