| MirGeneDB ID | Xla-Mir-153-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-153 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGCAUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-153-P1c Xla-Mir-153-P1d Xla-Mir-153-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-153-P2 Ami-Mir-153-P2 Asu-Mir-153 Bfl-Mir-153 Bla-Mir-153 Bpl-Mir-153 Bta-Mir-153-P2 Cfa-Mir-153-P2 Cgi-Mir-153 Cin-Mir-153 Cli-Mir-153-P2 Cmi-Mir-153-P2 Cpi-Mir-153-P2 Cte-Mir-153 Dma-Mir-153 Dno-Mir-153-P2 Dpu-Mir-153 Gga-Mir-153-P2 Gja-Mir-153-P2 Hsa-Mir-153-P2 Isc-Mir-153 Lan-Mir-153 Lch-Mir-153-P2 Lgi-Mir-153 Loc-Mir-153-P2 Mdo-Mir-153-P2 Mml-Mir-153-P2 Mun-Mir-153-P2 Npo-Mir-153 Oan-Mir-153-P2 Obi-Mir-153 Ovu-Mir-153 Pbv-Mir-153-P2 Pfl-Mir-153 Pma-Mir-153-o2 Pmi-Mir-153 Sha-Mir-153-P2 Sko-Mir-153 Sme-Mir-153 Spt-Mir-153-P2 Spu-Mir-153 Sto-Mir-153-P2 Tgu-Mir-153-P2 Xbo-Mir-153 Xtr-Mir-153-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030740.1: 51410565-51410624 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGAAUCCUACAGAGCUCAUGGCUGCCCUUGUCAUUUUUGUGAUUUGCAGCUUGUAAUUUUGGUCUCAGUUGCAUAGUCACAAAAGUGAUCAUGGGCAGGUGGGGCAGCAUCGCUUUGGGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGAAUCCUACAGAGCUCAUGG- U - -| UGUAAUU CUGCCC UG UCAUUUUUGUGAUU UGCAGCU \ GACGGG AC AGUGAAAACACUGA ACGUUGA U UGGGUUUCGCUACGACGGGGUG U U U^ CUCUGGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut -1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-153-P2d_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAUUUUUGUGAUUUGCAGCU -21
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-153-P2d_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UUGCAUAGUCACAAAAGUGAUC -60
Get sequence
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