| MirGeneDB ID | Pma-Mir-196-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-196 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | pma-mir-196a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pma-Mir-196-o2 Pma-Mir-196-o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-196-P1 Ami-Mir-196-P1 Bta-Mir-196-P1 Cfa-Mir-196-P1 Cin-Mir-196 Cja-Mir-196-P1 Cli-Mir-196-P1 Cmi-Mir-196-P1 Cpi-Mir-196-P1 Cpo-Mir-196-P1 Dno-Mir-196-P1 Dre-Mir-196-P1a Dre-Mir-196-P1b Eca-Mir-196-P1 Ete-Mir-196-P1 Gga-Mir-196-P1 Gja-Mir-196-P1 Gmo-Mir-196-P1a Gmo-Mir-196-P1b Hsa-Mir-196-P1 Laf-Mir-196-P1 Lch-Mir-196-P1 Loc-Mir-196-P1 Mal-Mir-196-P1a Mal-Mir-196-P1b Mdo-Mir-196-P1 Mml-Mir-196-P1 Mmr-Mir-196-P1 Mmu-Mir-196-P1 Mun-Mir-196-P1 Neu-Mir-196-P1 Oan-Mir-196-P1 Ocu-Mir-196-P1 Pab-Mir-196-P1 Pbv-Mir-196-P1 Rno-Mir-196-P1c Rno-Mir-196-P1d Sha-Mir-196-P1 Spt-Mir-196-P1 Sto-Mir-196-P1 Tgu-Mir-196-P1 Tni-Mir-196-P1a Tni-Mir-196-P1b Xla-Mir-196-P1e Xla-Mir-196-P1f Xtr-Mir-196-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046078.1: 8134714-8134775 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGAGUCCCUGCAGCUGGCUGGUCCGUGGUCUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGGUUUACGCUCCAGAUGUCCGACAGCAGAAAACUGCCCGGACCGCGCCAGCCAAUAACGGCGUAGGCGACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGAGUCCCUGCAGCUGG----| UC UA CA GUUUACG CUGG CGUGGUC GGUAGUUU UGUUGUUGGG C GACC GCGCCAG CCGUCAAA ACGACAGCCU U CCAGCGGAUGCGGCAAUAACC^ -- GC AG GUAGACC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pma-Mir-196-o1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0019502 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGG -22
Get sequence
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| Star sequence | Pma-Mir-196-o1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0019503 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CGACAGCAGAAAACUGCCCGGA -62
Get sequence
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