| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-551-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-551 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-551b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-551-P2 Ami-Mir-551-P2 Bta-Mir-551-P2 Cfa-Mir-551-P2 Cja-Mir-551-P2 Cli-Mir-551-P2 Cmi-Mir-551-P2 Cpi-Mir-551-P2 Cpo-Mir-551-P2 Dno-Mir-551-P2 Dre-Mir-551-P2 Eca-Mir-551-P2 Ete-Mir-551-P2 Gga-Mir-551-P2 Gja-Mir-551-P2 Gmo-Mir-551-P2 Hsa-Mir-551-P2 Laf-Mir-551-P2 Lch-Mir-551-P2 Loc-Mir-551-P2 Mal-Mir-551-P2 Mdo-Mir-551-P2 Mml-Mir-551-P2 Mmr-Mir-551-P2 Mun-Mir-551-P2 Neu-Mir-551-P2 Oan-Mir-551-P2 Ocu-Mir-551-P2 Pab-Mir-551-P2 Pbv-Mir-551-P2 Rno-Mir-551-P2 Sha-Mir-551-P2 Spt-Mir-551-P2 Sto-Mir-551-P2 Tgu-Mir-551-P2 Xla-Mir-551-P2a Xla-Mir-551-P2b Xtr-Mir-551-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr3: 29416840-29416899 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CGACCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAUAUUCCCAGAUGUGCUCUUGUGGCCCAUGAAAUCAAGCUUGGGUGAGACCUGGUGCAGAACAGGAAGGCGACCCAUACUUGGUUUCAGUGGCUGCAAGAAUGACUGCAUGGUCGACAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAUAUUCCCAGAUGUGC--| UG CA CU GAGA GGUGCA UCUUG GCC UGAAAUCAAG UGGGU CCU G AGAAC CGG ACUUUGGUUC ACCCA GGA A GACAGCUGGUACGUCAGUA^ GU UG AU GC-- AGGACA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | In the murid rodents the 3' terminal U is templated. Nonetheless it is classified as a Group 2 miRNA given that it is a conserved Group 2 miRNA across vertebrates. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mmu-Mir-551-P2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0017236 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAAAUCAAGCUUGGGUGAGACCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-551b-5p miRDB: MIMAT0017236 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmu-Mir-551-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0003890 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GCGACCCAUACUUGGUUUCAG -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003890 TargetScanVert: mmu-miR-551b-3p miRDB: MIMAT0003890 |
