| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-551-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-551 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CGACCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-551b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-551-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-551-P2 Ami-Mir-551-P2 Bta-Mir-551-P2 Cli-Mir-551-P2 Cmi-Mir-551-P2 Cpi-Mir-551-P2 Cpo-Mir-551-P2 Dno-Mir-551-P2 Dre-Mir-551-P2 Ete-Mir-551-P2 Gga-Mir-551-P2 Gja-Mir-551-P2 Gmo-Mir-551-P2 Hsa-Mir-551-P2 Lch-Mir-551-P2 Loc-Mir-551-P2 Mal-Mir-551-P2 Mdo-Mir-551-P2 Mml-Mir-551-P2 Mmu-Mir-551-P2 Mun-Mir-551-P2 Oan-Mir-551-P2 Ocu-Mir-551-P2 Pbv-Mir-551-P2 Rno-Mir-551-P2 Sha-Mir-551-P2 Spt-Mir-551-P2 Sto-Mir-551-P2 Tgu-Mir-551-P2 Xla-Mir-551-P2a Xla-Mir-551-P2b Xtr-Mir-551-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr34: 33292516-33292575 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAAGUUCCAGAUGUGCUCUCCUGGCCCAUGAAAUCAAGUGUGGGUGAGACCUGGUGCACAGCGGGAAGGCGACCCAUACUUGGUUUCAGAGGCUGCGAGAAUAUCUACAGUUUUGAGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGAAGUUCCAGAUGUGC--| C CA GAGA GGUGCA UCUC UGGCC UGAAAUCAAGUGUGGGU CCU C AGAG GUCGG ACUUUGGUUCAUACCCA GGA A UAGAGUUUUGACAUCUAUA^ C AG GC-- AGGGCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cfa-Mir-551-P2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAAAUCAAGUGUGGGUGAGACCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cfa-Mir-551-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0009913 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GCGACCCAUACUUGGUUUCAG -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-551b miRDB: MIMAT0009913 |
