| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-493 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-493 Cfa-Mir-493 Cja-Mir-493 Cpo-Mir-493 Dno-Mir-493 Eca-Mir-493 Ete-Mir-493 Hsa-Mir-493 Laf-Mir-493 Mml-Mir-493 Mmr-Mir-493 Ocu-Mir-493 Pab-Mir-493 Rno-Mir-493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr12: 109580243-109580305 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-493) |
Mir-770
chr12: 109563710-109563765 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-673 chr12: 109572004-109572066 [+] UCSC Ensembl Mir-493 chr12: 109580243-109580305 [+] UCSC Ensembl Mir-337-as chr12: 109585813-109585873 [-] UCSC Ensembl Mir-337 chr12: 109585818-109585871 [+] UCSC Ensembl Mir-540 chr12: 109586085-109586143 [+] UCSC Ensembl Mir-431 chr12: 109590459-109590522 [+] UCSC Ensembl Mir-433 chr12: 109591729-109591802 [+] UCSC Ensembl Mir-127 chr12: 109592854-109592909 [+] UCSC Ensembl Mir-434 chr12: 109594527-109594586 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v2 chr12: 109595331-109595386 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v1 chr12: 109595331-109595386 [+] UCSC Ensembl Mir-370 chr12: 109618270-109618326 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | UGUACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUUCUGGGCUCACUCUGGCCGCCAGGGCCUUGUACAUGGUAGGCUUUCAUUCAUUUUUUGCACAUUCGGUGAAGGUCCUACUGUGUGCCAGGCCCUGUGCCAGGCAUCGUGUAGAUGGACGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUUCUGGGCUCACUCU----| CGC U - CAUUUUU GGC CAGGGCCU GUACAUGGUAGG CUUUCAUU U CCG GUCCCGGA CGUGUGUCAUCC GGAAGUGG G UGCAGGUAGAUGUGCUACGGA^ U-- C U CUUACAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-493_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0017276 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGUACAUGGUAGGCUUUCAUU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-493-5p miRDB: MIMAT0017276 |
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| Co-mature sequence | Mmu-Mir-493_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0004888 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGAAGGUCCUACUGUGUGCCAGG -63
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004888 TargetScanVert: mmu-miR-493-3p miRDB: MIMAT0004888 |
