| MirGeneDB ID | Mmr-Mir-493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-493 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-493 Cfa-Mir-493 Cja-Mir-493 Cpo-Mir-493 Dno-Mir-493 Eca-Mir-493 Ete-Mir-493 Hsa-Mir-493 Laf-Mir-493 Mml-Mir-493 Mmu-Mir-493 Ocu-Mir-493 Pab-Mir-493 Rno-Mir-493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
CM007663.1: 12574249-12574311 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-493) |
Mir-770
CM007663.1: 12558097-12558152 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-493 CM007663.1: 12574249-12574311 [+] UCSC Ensembl Mir-337-v1 CM007663.1: 12577986-12578046 [+] UCSC Ensembl Mir-337-v2 CM007663.1: 12577986-12578046 [+] UCSC Ensembl Mir-431 CM007663.1: 12583662-12583725 [+] UCSC Ensembl Mir-433 CM007663.1: 12584521-12584594 [+] UCSC Ensembl Mir-127 CM007663.1: 12585625-12585680 [+] UCSC Ensembl Mir-432 CM007663.1: 12587123-12587191 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v2 CM007663.1: 12587343-12587398 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v1 CM007663.1: 12587343-12587398 [+] UCSC Ensembl Mir-370 CM007663.1: 12611252-12611308 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | UGUACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCUCGGGGCUCAUUCUGGCCUCCAGGGCUUUGUACAUGGUAGGCUUUCAUUCAUUCGUUUGCACAUUCGGUGAAGGUCUACUGUGUGCCAGGCCCUGUGCCGGGCAUCGUGUAGAUGGACAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCUCGGGGCUCAUUCU----| CUC U CAUUCGUU GGC CAGGGCUU GUACAUGGUAGGCUUUCAUU \ CCG GUCCCGGA CGUGUGUCAUCUGGAAGUGG U UACAGGUAGAUGUGCUACGGG^ U-- C CUUACACG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmr-Mir-493_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGUACAUGGUAGGCUUUCAUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Mmr-Mir-493_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UGAAGGUCUACUGUGUGCCAGG -63
Get sequence
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