| MirGeneDB ID | Ete-Mir-493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-493 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-493 Cfa-Mir-493 Cja-Mir-493 Cpo-Mir-493 Dno-Mir-493 Eca-Mir-493 Hsa-Mir-493 Laf-Mir-493 Mml-Mir-493 Mmr-Mir-493 Mmu-Mir-493 Ocu-Mir-493 Pab-Mir-493 Rno-Mir-493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980297: 82413472-82413532 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-493) |
Mir-136-v1
JH980297: 82397135-82397190 [-]
UCSC
Mir-136-v2 JH980297: 82397135-82397190 [-] UCSC Mir-432 JH980297: 82397342-82397410 [-] UCSC Mir-127 JH980297: 82398910-82398965 [-] UCSC Mir-433 JH980297: 82399996-82400069 [-] UCSC Mir-431 JH980297: 82400847-82400910 [-] UCSC Mir-493 JH980297: 82413472-82413532 [-] UCSC |
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| Seed | UGUACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCUCUGGUCUCCCUCUGGCCUCCAGGGCCUUGUACACUCUAGGCUUUCAUUCAUUGUCGCACACUCAGUGAAGGCCUACUGUGUGCCAGGCCCUCUGCCGGGCAUCGAGUGGGGGAAGGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCCUCUGGUCUCCCUCU----| CUCC U UC CAUUGUC GGC AGGGCCU GUACAC UAGGCUUUCAUU \ CCG UCCCGGA CGUGUG AUCCGGAAGUGA G CGGAAGGGGGUGAGCUACGGG^ UC-- C UC CUCACAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ete-Mir-493_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGUACACUCUAGGCUUUCAUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Ete-Mir-493_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAAGGCCUACUGUGUGCCAGG -61
Get sequence
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