| MirGeneDB ID | Ete-Mir-136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-136 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-136-v1 Cfa-Mir-136-v1 Cja-Mir-136 Cpo-Mir-136-v1 Dno-Mir-136-v1 Eca-Mir-136-v1 Hsa-Mir-136-v1 Laf-Mir-136 Mml-Mir-136-v1 Mmr-Mir-136-v1 Mmu-Mir-136-v1 Ocu-Mir-136-v1 Pab-Mir-136 Rno-Mir-136-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980297: 82397135-82397190 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-136-v1) |
Mir-136-v1
JH980297: 82397135-82397190 [-]
UCSC
Mir-136-v2 JH980297: 82397135-82397190 [-] UCSC Mir-432 JH980297: 82397342-82397410 [-] UCSC Mir-127 JH980297: 82398910-82398965 [-] UCSC Mir-433 JH980297: 82399996-82400069 [-] UCSC Mir-431 JH980297: 82400847-82400910 [-] UCSC Mir-493 JH980297: 82413472-82413532 [-] UCSC |
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| Variant | Ete-Mir-136-v1 |
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| Seed | AUCAUCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGCGGCGGUAUUGGAUGAGCCCUCGGAGGACUCCAUUUGUUUUGAUGAUGGAUUCUUAUGCUCCAUCAUCGUCUCAAAUGAGUCUUCAGAGGGUUCUAUCAUUUCUUCGGUUGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCGCGGCGGUAUUGGAU--| G C UUU UUCU GAGCCCUC GAGGACUC AUUUG UGAUGAUGGA \ CUUGGGAG CUUCUGAG UAAAC GCUACUACCU U AGGUUGGCUUCUUUACUAU^ A - UCU CGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ete-Mir-136-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCCAUUUGUUUUGAUGAUGGA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ete-Mir-136-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- CAUCAUCGUCUCAAAUGAGUCU -56
Get sequence
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| Variant | Ete-Mir-136-v2 |
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| Seed | UCAUCGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGCGGCGGUAUUGGAUGAGCCCUCGGAGGACUCCAUUUGUUUUGAUGAUGGAUUCUUAUGCUCCAUCAUCGUCUCAAAUGAGUCUUCAGAGGGUUCUAUCAUUUCUUCGGUUGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCGCGGCGGUAUUGGAU--| G C UUU AUUCU GAGCCCUC GAGGACUC AUUUG UGAUGAUGG \ CUUGGGAG CUUCUGAG UAAAC GCUACUACC U AGGUUGGCUUCUUUACUAU^ A - UCU UCGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ete-Mir-136-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCCAUUUGUUUUGAUGAUGG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ete-Mir-136-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AUCAUCGUCUCAAAUGAGUCU -56
Get sequence
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