| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-136 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-136-v1 Cfa-Mir-136-v1 Cja-Mir-136 Dno-Mir-136-v1 Eca-Mir-136-v1 Ete-Mir-136-v1 Hsa-Mir-136-v1 Laf-Mir-136 Mml-Mir-136-v1 Mmr-Mir-136-v1 Mmu-Mir-136-v1 Ocu-Mir-136-v1 Pab-Mir-136 Rno-Mir-136-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_111: 955349-955404 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-136-v1) |
Mir-493
scaffold_111: 942145-942206 [+]
UCSC
Mir-337-v1 scaffold_111: 946840-946900 [+] UCSC Mir-337-v2 scaffold_111: 946840-946900 [+] UCSC Mir-431 scaffold_111: 951653-951716 [+] UCSC Mir-12073 scaffold_111: 952329-952402 [+] UCSC Mir-433 scaffold_111: 952524-952597 [+] UCSC Mir-127 scaffold_111: 953628-953683 [+] UCSC Mir-432 scaffold_111: 955129-955197 [+] UCSC Mir-136-v2 scaffold_111: 955349-955404 [+] UCSC Mir-136-v1 scaffold_111: 955349-955404 [+] UCSC Mir-370 scaffold_111: 977812-977869 [+] UCSC |
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| Variant | Cpo-Mir-136-v1 |
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| Seed | AUCAUCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUCAGCGGUGUUAGAUGAGCCCUCAGAGGACUCCAUUUGUUUUGAUGAUGGAUUCUUACGCUCCAUCAUCGUCUCAAAUGAGUCUUCAGAGGGUUCCAUCAUUUCGUCGGUUGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCUCAGCGGUGUUAGAU--| A C UUU UUCU GAGCCCUC GAGGACUC AUUUG UGAUGAUGGA \ CUUGGGAG CUUCUGAG UAAAC GCUACUACCU U AGGUUGGCUGCUUUACUAC^ A - UCU CGCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-136-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046997 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCCAUUUGUUUUGAUGAUGGA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-136-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0046998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- CAUCAUCGUCUCAAAUGAGUCU -56
Get sequence
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| Variant | Cpo-Mir-136-v2 |
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| Seed | UCAUCGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUCAGCGGUGUUAGAUGAGCCCUCAGAGGACUCCAUUUGUUUUGAUGAUGGAUUCUUACGCUCCAUCAUCGUCUCAAAUGAGUCUUCAGAGGGUUCCAUCAUUUCGUCGGUUGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCUCAGCGGUGUUAGAU--| A C UUU AUUCU GAGCCCUC GAGGACUC AUUUG UGAUGAUGG \ CUUGGGAG CUUCUGAG UAAAC GCUACUACC U AGGUUGGCUGCUUUACUAC^ A - UCU UCGCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-136-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046997 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCCAUUUGUUUUGAUGAUGG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-136-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0046998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AUCAUCGUCUCAAAUGAGUCU -56
Get sequence
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