MirGeneDB ID | Rno-Mir-136-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-136 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCAUCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rno-Mir-136-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-136-v1 Cfa-Mir-136-v1 Cpo-Mir-136-v1 Dno-Mir-136-v1 Ete-Mir-136-v1 Hsa-Mir-136-v1 Mml-Mir-136-v1 Mmu-Mir-136-v1 Ocu-Mir-136-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chr6: 133716775-133716830 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-136-v1) |
Mir-770
chr6: 133682975-133683030 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-673 chr6: 133691391-133691453 [+] UCSC Ensembl Mir-493 chr6: 133699522-133699583 [+] UCSC Ensembl Mir-337-as chr6: 133705943-133706003 [-] UCSC Ensembl Mir-337 chr6: 133705948-133706001 [+] UCSC Ensembl Mir-540 chr6: 133706216-133706274 [+] UCSC Ensembl Mir-431 chr6: 133711444-133711507 [+] UCSC Ensembl Mir-433 chr6: 133712345-133712418 [+] UCSC Ensembl Mir-127 chr6: 133713452-133713507 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v2 chr6: 133716775-133716830 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v1 chr6: 133716775-133716830 [+] UCSC Ensembl Mir-370 chr6: 133739928-133739984 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUUCAACGGUGUUGGAUGAGCCCUCGGAGGACUCCAUUUGUUUUGAUGAUGGAUUCUUAAGCUCCAUCAUCGUCUCAAAUGAGUCUUCAGAGGGUUCUAUCAUGUCGUCGGUUGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUUCAACGGUGUUGGAU--| G C UUU UUCU GAGCCCUC GAGGACUC AUUUG UGAUGAUGGA \ CUUGGGAG CUUCUGAG UAAAC GCUACUACCU U AGGUUGGCUGCUGUACUAU^ A - UCU CGAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Rno-Mir-136-v1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0000842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUCCAUUUGUUUUGAUGAUGGA -23
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000842 TargetScanVert: rno-miR-136-5p miRDB: MIMAT0000842 |
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Mature sequence | Rno-Mir-136-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0004733 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- CAUCAUCGUCUCAAAUGAGUCU -56
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004733 TargetScanVert: rno-miR-136-3p miRDB: MIMAT0004733 |