| MirGeneDB ID | Pab-Mir-136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-136 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-136-v1 Cfa-Mir-136-v1 Cja-Mir-136 Cpo-Mir-136-v1 Dno-Mir-136-v1 Eca-Mir-136-v1 Ete-Mir-136-v1 Hsa-Mir-136-v1 Laf-Mir-136 Mml-Mir-136-v1 Mmr-Mir-136-v1 Mmu-Mir-136-v1 Ocu-Mir-136-v1 Rno-Mir-136-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054694.2: 105310838-105310893 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-136) |
Mir-770
CM054694.2: 105276468-105276529 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-493 CM054694.2: 105293438-105293499 [+] UCSC Ensembl Mir-337 CM054694.2: 105300631-105300690 [+] UCSC Ensembl Mir-431 CM054694.2: 105307145-105307208 [+] UCSC Ensembl Mir-433 CM054694.2: 105308016-105308089 [+] UCSC Ensembl Mir-127 CM054694.2: 105309120-105309175 [+] UCSC Ensembl Mir-432 CM054694.2: 105310618-105310686 [+] UCSC Ensembl Mir-136 CM054694.2: 105310838-105310893 [+] UCSC Ensembl Mir-370 CM054694.2: 105337141-105337197 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | CUCCAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUCGGUGGUGUUGGAUGAGCCCUCGGAGGACUCCAUUUGUUUUGAUGAUGGAUUCUUAUGCUCCAUCAUCGUCUCAAAUGAGUCUUCAGAGGGUUCUAUCAUUUCGUCGGAUGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCUCGGUGGUGUUGGAU--| G C UUU UUCU GAGCCCUC GAGGACUC AUUUG UGAUGAUGGA \ CUUGGGAG CUUCUGAG UAAAC GCUACUACCU U AGGUAGGCUGCUUUACUAU^ A - UCU CGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-136_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCCAUUUGUUUUGAUGAUGGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-136_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AUCAUCGUCUCAAAUGAGUCU -56
Get sequence
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