| MirGeneDB ID | Pab-Mir-433 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-433 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-433 Cfa-Mir-433 Cja-Mir-433 Cpo-Mir-433 Dno-Mir-433 Eca-Mir-433 Ete-Mir-433 Hsa-Mir-433 Laf-Mir-433 Mml-Mir-433 Mmr-Mir-433 Mmu-Mir-433 Ocu-Mir-433 Rno-Mir-433 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054694.2: 105308016-105308089 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-433) |
Mir-770
CM054694.2: 105276468-105276529 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-493 CM054694.2: 105293438-105293499 [+] UCSC Ensembl Mir-337 CM054694.2: 105300631-105300690 [+] UCSC Ensembl Mir-431 CM054694.2: 105307145-105307208 [+] UCSC Ensembl Mir-433 CM054694.2: 105308016-105308089 [+] UCSC Ensembl Mir-127 CM054694.2: 105309120-105309175 [+] UCSC Ensembl Mir-432 CM054694.2: 105310618-105310686 [+] UCSC Ensembl Mir-136 CM054694.2: 105310838-105310893 [+] UCSC Ensembl Mir-370 CM054694.2: 105337141-105337197 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | UCAUGAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGAAGAAGACCCAAUGCCCGGGGAGAAGUACGGUGAGCCUGUCAUUAUUCAGAGAGGCUAGAUCCUCUGUGUUGAGAAGGAUCAUGAUGGGCUCCUCGGUGUUCUCCAGGUAGCGGCACCACACCAUGAAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAAGAAGAAGACCCAAU- --| GG GUA U U AGAGAGGCUAGAU GC CC GGAGAA CGG GAGCCUGUCAU AUUC C CG GG CCUCUU GCU CUCGGGUAGUA UAGG C GGAAGUACCACACCACGG AU^ A- GUG C C AAGAGUUGUGUCU 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pab-Mir-433_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACGGUGAGCCUGUCAUUAUUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pab-Mir-433_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
52- AUCAUGAUGGGCUCCUCGGUGU -74
Get sequence
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