MirGeneDB ID | Pab-Mir-337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-337 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-337 Cpo-Mir-337-v1 Dno-Mir-337-v1 Eca-Mir-337 Eca-Mir-337-as Hsa-Mir-337-as Hsa-Mir-337-v1 Laf-Mir-337 Mml-Mir-337-as Mml-Mir-337-v1 Mmr-Mir-337-v1 Mmu-Mir-337 Mmu-Mir-337-as Ocu-Mir-337-as Ocu-Mir-337-v1 Rno-Mir-337 Rno-Mir-337-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054694.2: 105300631-105300690 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-337) |
Mir-770
CM054694.2: 105276468-105276529 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-493 CM054694.2: 105293438-105293499 [+] UCSC Ensembl Mir-337 CM054694.2: 105300631-105300690 [+] UCSC Ensembl Mir-431 CM054694.2: 105307145-105307208 [+] UCSC Ensembl Mir-433 CM054694.2: 105308016-105308089 [+] UCSC Ensembl Mir-127 CM054694.2: 105309120-105309175 [+] UCSC Ensembl Mir-432 CM054694.2: 105310618-105310686 [+] UCSC Ensembl Mir-136 CM054694.2: 105310838-105310893 [+] UCSC Ensembl Mir-370 CM054694.2: 105337141-105337197 [+] UCSC Ensembl |
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Seed | AACGGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCGGCCCGUAGUCAGUAGUUGGGGGGUGGGAACGGCUUCAUACAGGAGUUGAUGCACAGUUAUCCAGCUCCUAUAUGAUGCCUUUCUUCAUCCCCUUCAACCACGCGCAGCCCCCGGACGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UGCGGCCCGUAGUCAGUA -- -| C U C GAUGCAC GUUG GGGGGUG GGAA GGC UCAUA AGGAGUU \ CAAC CCCCUAC UCUU CCG AGUAU UCCUCGA A CAGGCCCCCGACGCGCAC UU U^ U U A CCUAUUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pab-Mir-337_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAACGGCUUCAUACAGGAGUU -21
Get sequence
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Star sequence | Pab-Mir-337_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CUCCUAUAUGAUGCCUUUCUUC -60
Get sequence
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