MirGeneDB ID | Ocu-Mir-337-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-337 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACGGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-337-as Ocu-Mir-337-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cpo-Mir-337-v1 Dno-Mir-337-v1 Hsa-Mir-337-v1 Mml-Mir-337-v1 Mmu-Mir-337 Rno-Mir-337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0352: 1562-1622 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-337-v1) |
Mir-337-v1
chrUn0352: 1562-1622 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-337-v2 chrUn0352: 1562-1622 [+] UCSC Ensembl Mir-433 chrUn0352: 6784-6857 [+] UCSC Ensembl Mir-127 chrUn0352: 7903-7958 [+] UCSC Ensembl Mir-432 chrUn0352: 9852-9920 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v1 chrUn0352: 10072-10127 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v2 chrUn0352: 10072-10127 [+] UCSC Ensembl Mir-370 chrUn0352: 31816-31871 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGCGGCCCGCGGUCGGUAGUUGGGGGAUGGGAACGGCUUCAUACAGGAGUUGAUUGCACAGUCAUCCAGCUCCUAUAUGAUGCCUUUCUUCAUCCUCUUCAACCACGCACAGCCUCCGGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGCGGCCCGCGGUCGGUA -- -| C U C UGAUUGCA GUUG GGGGAUG GGAA GGC UCAUA AGGAGU C CAAC CUCCUAC UCUU CCG AGUAU UCCUCG A CAGGCCUCCGACACGCAC UU U^ U U A ACCUACUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ocu-Mir-337-v1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0048384 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAACGGCUUCAUACAGGAGU -20
Get sequence
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Co-mature sequence | Ocu-Mir-337-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0048385 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UCCUAUAUGAUGCCUUUCUUC -61
Get sequence
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