| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-370 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-370 Cfa-Mir-370 Cja-Mir-370 Cpo-Mir-370 Eca-Mir-370 Hsa-Mir-370 Mml-Mir-370 Mmr-Mir-370 Mmu-Mir-370 Pab-Mir-370 Rno-Mir-370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Boreoeutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Boreoeutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0352: 31816-31871 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-370) |
Mir-337-as
chrUn0352: 1560-1620 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-337-v1 chrUn0352: 1562-1622 [+] UCSC Ensembl Mir-337-v2 chrUn0352: 1562-1622 [+] UCSC Ensembl Mir-433 chrUn0352: 6784-6857 [+] UCSC Ensembl Mir-127 chrUn0352: 7903-7958 [+] UCSC Ensembl Mir-432 chrUn0352: 9852-9920 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v1 chrUn0352: 10072-10127 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v2 chrUn0352: 10072-10127 [+] UCSC Ensembl Mir-370 chrUn0352: 31816-31871 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCUGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCACAAGCCGGGGCACAAGACAGAGAGGCCAGGUCACGUCUCUGCAGUUGCACGGCUCUGAGUGCCUGCUGGGGUGGAACCUGGUCAGUCUGUCUGCCUAGCACCACAGCUCGGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CGCACAAGCCGGGGCACA--| GA CA GU U UU GGC AGACAGA GGCCAGGU C CUC GCAG GCAC U UCUGUCU CUGGUCCA G GGG CGUC CGUG C GGGCUCGACACCACGAUCCG^ GA AG UG U -- AGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ocu-Mir-370_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048404 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGGUCACGUCUCUGCAGUUGCAC -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ocu-Mir-370_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048405 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- GCCUGCUGGGGUGGAACCUGGU -56
Get sequence
|
