| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-370 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-370 Cfa-Mir-370 Cja-Mir-370 Eca-Mir-370 Hsa-Mir-370 Mml-Mir-370 Mmr-Mir-370 Mmu-Mir-370 Ocu-Mir-370 Pab-Mir-370 Rno-Mir-370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Boreoeutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Boreoeutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_111: 977812-977869 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-370) |
Mir-493
scaffold_111: 942145-942206 [+]
UCSC
Mir-337-v1 scaffold_111: 946840-946900 [+] UCSC Mir-337-v2 scaffold_111: 946840-946900 [+] UCSC Mir-431 scaffold_111: 951653-951716 [+] UCSC Mir-12073 scaffold_111: 952329-952402 [+] UCSC Mir-433 scaffold_111: 952524-952597 [+] UCSC Mir-127 scaffold_111: 953628-953683 [+] UCSC Mir-432 scaffold_111: 955129-955197 [+] UCSC Mir-136-v2 scaffold_111: 955349-955404 [+] UCSC Mir-136-v1 scaffold_111: 955349-955404 [+] UCSC Mir-370 scaffold_111: 977812-977869 [+] UCSC |
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| Seed | CCUGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCGUGCAAGUCGGGGUACAAGAUAGAGAGGCCAGGUCACGUCUCUGCAGUUACACAGCUCAUGAGUGCCUGCUGGGGUGGAACCUGGUCUGUCUGUCUGUCAAGCACCACAGCUCGGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCGUGCAAGUCGGGGUACA-| G CA GU U U ACAGC AGAUAGA AGGCCAGGU C CUC GCAG UAC \ UCUGUCU UCUGGUCCA G GGG CGUC GUG U GGGCUCGACACCACGAACUG^ G AG UG U C AGUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-370_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCAGGUCACGUCUCUGCAGUUAC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-370_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047202 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- GCCUGCUGGGGUGGAACCUGGU -58
Get sequence
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