| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-432 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-432 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-432 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-432 Cfa-Mir-432 Cja-Mir-432 Dno-Mir-432 Eca-Mir-432 Ete-Mir-432 Hsa-Mir-432 Mml-Mir-432 Mmr-Mir-432 Ocu-Mir-432 Pab-Mir-432 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_111: 955129-955197 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-432) |
Mir-493
scaffold_111: 942145-942206 [+]
UCSC
Mir-337-v1 scaffold_111: 946840-946900 [+] UCSC Mir-337-v2 scaffold_111: 946840-946900 [+] UCSC Mir-431 scaffold_111: 951653-951716 [+] UCSC Mir-12073 scaffold_111: 952329-952402 [+] UCSC Mir-433 scaffold_111: 952524-952597 [+] UCSC Mir-127 scaffold_111: 953628-953683 [+] UCSC Mir-432 scaffold_111: 955129-955197 [+] UCSC Mir-136-v2 scaffold_111: 955349-955404 [+] UCSC Mir-136-v1 scaffold_111: 955349-955404 [+] UCSC Mir-370 scaffold_111: 977812-977869 [+] UCSC |
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| Seed | CUUGGAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGUCAGAACCAUAGCAUGACUCCUCCAUGUCUUGGAGUAGGUCAUUGGGUGGAUCCUCUAUUUCCCUAUGCGGGCCACUGGAUGGCUCCUCCAUGUCUUGGAGUAGAUCAGUAGGCAGCUCUUCUACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGUCAGAACCAUAGCA- -| C UGUCU UA G AUCCUCUAUU UGA CU CUCCA UGGAG GGUCAUU GGUGG U ACU GA GAGGU ACCUC UCGGUAG UCACC C UCAUCUUCUCGACGGAUG A^ U UCUGU C- G GGGCGUAUCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-432_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047251 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUGGAGUAGGUCAUUGGGUGG -23
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-432_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047252 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
47- ACUGGAUGGCUCCUCCAUGUCU -69
Get sequence
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