| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-127 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CGGAUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-127 Cfa-Mir-127 Dno-Mir-127 Ete-Mir-127 Hsa-Mir-127 Mml-Mir-127 Mmu-Mir-127 Ocu-Mir-127 Rno-Mir-127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_111: 953628-953683 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-127) |
Mir-493
scaffold_111: 942145-942206 [+]
UCSC
Mir-337-v1 scaffold_111: 946840-946900 [+] UCSC Mir-337-v2 scaffold_111: 946840-946900 [+] UCSC Mir-431 scaffold_111: 951653-951716 [+] UCSC Mir-12073 scaffold_111: 952329-952402 [+] UCSC Mir-433 scaffold_111: 952524-952597 [+] UCSC Mir-127 scaffold_111: 953628-953683 [+] UCSC Mir-432 scaffold_111: 955129-955197 [+] UCSC Mir-136-v2 scaffold_111: 955349-955404 [+] UCSC Mir-136-v1 scaffold_111: 955349-955404 [+] UCSC Mir-370 scaffold_111: 977812-977869 [+] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAUCUCGCUGUGAUCACUGUCUCCAGCCUGCUGAAGCUCAGAGGGCUCUGAUUCAGAAAGAUCAUCGGAUCCGUCUGAGCUUGGCUGGUCGGAAGUCUCAUCAUCUGCUUCCUUCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAUCUCGCUGUGAUCACUGUC--| A U G G C UCAGA UCC GCC GCU AAGCUCAGA GG UCUGAU \ AGG UGG CGG UUCGAGUCU CC AGGCUA A GCUUCCUUCGUCUACUACUCUGA^ C U - G U CUAGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-127_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046972 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGAAGCUCAGAGGGCUCUGAUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-127_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0046973 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UCGGAUCCGUCUGAGCUUGGCU -56
Get sequence
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