| MirGeneDB ID | Laf-Mir-127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-127 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-127 Cfa-Mir-127 Cja-Mir-127 Cpo-Mir-127 Dno-Mir-127 Eca-Mir-127 Ete-Mir-127 Hsa-Mir-127 Mml-Mir-127 Mmr-Mir-127 Mmu-Mir-127 Ocu-Mir-127 Pab-Mir-127 Rno-Mir-127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010036.1: 75662711-75662766 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-127) |
Mir-136
GL010036.1: 75660902-75660957 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-127 GL010036.1: 75662711-75662766 [-] UCSC Ensembl Mir-433 GL010036.1: 75663797-75663870 [-] UCSC Ensembl Mir-431 GL010036.1: 75664666-75664729 [-] UCSC Ensembl Mir-337 GL010036.1: 75676529-75676588 [-] UCSC Ensembl Mir-493 GL010036.1: 75678752-75678809 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | CGGAUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACCUCGUCGUGAUCACUGUCUCCAGCCUGCUGAAGCUCAGAGGGCUCUGAUUCAGAAAGAUCAUCGGAUCCGUCUGAGCUUGGCUGGUCGGAAGUCUCAUCAUCUGCUUCUCUCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GACCUCGUCGUGAUCACUGUC--| A U G G C UCAGA UCC GCC GCU AAGCUCAGA GG UCUGAU \ AGG UGG CGG UUCGAGUCU CC AGGCUA A GCUCUCUUCGUCUACUACUCUGA^ C U - G U CUAGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-127_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGAAGCUCAGAGGGCUCUGAUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-127_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UCGGAUCCGUCUGAGCUUGGCU -56
Get sequence
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