MirGeneDB ID | Laf-Mir-431 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-431 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-431 Cfa-Mir-431 Cja-Mir-431 Cpo-Mir-431 Eca-Mir-431 Ete-Mir-431 Hsa-Mir-431 Mml-Mir-431 Mmr-Mir-431 Mmu-Mir-431 Ocu-Mir-431 Pab-Mir-431 Rno-Mir-431 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010036.1: 75664666-75664729 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-431) |
Mir-136
GL010036.1: 75660902-75660957 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-127 GL010036.1: 75662711-75662766 [-] UCSC Ensembl Mir-433 GL010036.1: 75663797-75663870 [-] UCSC Ensembl Mir-431 GL010036.1: 75664666-75664729 [-] UCSC Ensembl Mir-337 GL010036.1: 75676529-75676588 [-] UCSC Ensembl Mir-493 GL010036.1: 75678752-75678809 [-] UCSC Ensembl |
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Seed | GUCUUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCACAGUGCUCUCUUGAUCGUCCUGCGGGGUGUCUUGCAGGCCGUCAUGCAGGCCACCUUGACGGUAACGUUGCAGGUCGCCCUGCGGGGCUUCUCGCAAGACGACAUUCUCCUCGUUAACGAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GCACAGUGCUCUCUUGA--| C U C UCA GGCCACCUU UCGUC UGCGGGG GUCUUGCAGG CG UGCA G AGCAG ACGCUCU CGGGGCGUCC GC ACGU A UAGCAAUUGCUCCUCUUAC^ A U C UGG UGCAAUGGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Laf-Mir-431_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUCUUGCAGGCCGUCAUGCA -21
Get sequence
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Co-mature sequence | Laf-Mir-431_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- CAGGUCGCCCUGCGGGGCUUC -64
Get sequence
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