| MirGeneDB ID | Eca-Mir-431 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-431 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | eca-mir-431 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-431 Cfa-Mir-431 Cja-Mir-431 Cpo-Mir-431 Ete-Mir-431 Hsa-Mir-431 Laf-Mir-431 Mml-Mir-431 Mmr-Mir-431 Mmu-Mir-431 Ocu-Mir-431 Pab-Mir-431 Rno-Mir-431 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009171.1: 43183848-43183911 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-431) |
Mir-770
CM009171.1: 43150346-43150401 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-493 CM009171.1: 43167648-43167710 [+] UCSC Ensembl Mir-337-as CM009171.1: 43177990-43178049 [-] UCSC Ensembl Mir-337 CM009171.1: 43177992-43178051 [+] UCSC Ensembl Mir-431 CM009171.1: 43183848-43183911 [+] UCSC Ensembl Mir-433 CM009171.1: 43184725-43184798 [+] UCSC Ensembl Mir-127 CM009171.1: 43185829-43185884 [+] UCSC Ensembl Mir-432 CM009171.1: 43187318-43187386 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v2 CM009171.1: 43187505-43187560 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v1 CM009171.1: 43187505-43187560 [+] UCSC Ensembl Mir-370 CM009171.1: 43212467-43212523 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUCUUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUGCACGUCGUCCUGCUCGUCCUGCGAGGUGUCUUGCAGGCCGUCAUGCAGGCCACACUGACGGUAACGUUGCAGGUCGUCUUGCAGGGCUUCUCGCAAGACGACAUCUUCAUCACCAACGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUGCACGUCGUCCUGC--| C U C UCA GGCCACACU UCGUC UGCGAGG GUCUUGCAGG CG UGCA G AGCAG ACGCUCU CGGGACGUUC GC ACGU A CAGCAACCACUACUUCUAC^ A U U UGG UGCAAUGGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There are Dicer cuts +2 and +3 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Eca-Mir-431_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0013156 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUCUUGCAGGCCGUCAUGCA -21
Get sequence
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| Co-mature sequence | Eca-Mir-431_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- CAGGUCGUCUUGCAGGGCUUC -64
Get sequence
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