| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-337 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-337-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-337 Eca-Mir-337 Laf-Mir-337 Mmu-Mir-337 Pab-Mir-337 Rno-Mir-337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_111: 946840-946900 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-337-v2) |
Mir-493
scaffold_111: 942145-942206 [+]
UCSC
Mir-337-v1 scaffold_111: 946840-946900 [+] UCSC Mir-337-v2 scaffold_111: 946840-946900 [+] UCSC Mir-431 scaffold_111: 951653-951716 [+] UCSC Mir-12073 scaffold_111: 952329-952402 [+] UCSC Mir-433 scaffold_111: 952524-952597 [+] UCSC Mir-127 scaffold_111: 953628-953683 [+] UCSC Mir-432 scaffold_111: 955129-955197 [+] UCSC Mir-136-v2 scaffold_111: 955349-955404 [+] UCSC Mir-136-v1 scaffold_111: 955349-955404 [+] UCSC Mir-370 scaffold_111: 977812-977869 [+] UCSC |
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| Variant | Cpo-Mir-337-v2 |
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| Seed | AACGGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCGGCCCGUAGUCAGGAGUUGGGGGGUGGGAACGGCUUCAUACAGGAGUUGAUUGCACAGUUAUUCAGCUCCUAUAUGAUGCCUUUCCUCAUCCUCUUCAACCACGAGCAGCCCCCGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGCGGCCCGUAGUCAGGA -- -| C U C GAUUGCA GUUG GGGGGUG GGAA GGC UCAUA AGGAGUU C CAAC CUCCUAC CCUU CCG AGUAU UCCUCGA A CAGGCCCCCGACGAGCAC UU U^ U U A CUUAUUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-337-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047172 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAACGGCUUCAUACAGGAGUU -21
Get sequence
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| Co-mature sequence | Cpo-Mir-337-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUCCUAUAUGAUGCCUUUCCUC -61
Get sequence
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| Variant | Cpo-Mir-337-v1 |
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| Seed | CCUAUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCGGCCCGUAGUCAGGAGUUGGGGGGUGGGAACGGCUUCAUACAGGAGUUGAUUGCACAGUUAUUCAGCUCCUAUAUGAUGCCUUUCCUCAUCCUCUUCAACCACGAGCAGCCCCCGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGCGGCCCGUAGUCAGGA -- -| C U C UGAUUGCA GUUG GGGGGUG GGAA GGC UCAUA AGGAGU C CAAC CUCCUAC CCUU CCG AGUAU UCCUCG A CAGGCCCCCGACGAGCAC UU U^ U U A ACUUAUUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-337-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047172 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAACGGCUUCAUACAGGAGU -20
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-337-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UCCUAUAUGAUGCCUUUCCUC -61
Get sequence
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