| MirGeneDB ID | Cja-Mir-337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-337 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cpo-Mir-337-v1 Dno-Mir-337-v1 Eca-Mir-337 Eca-Mir-337-as Hsa-Mir-337-as Hsa-Mir-337-v1 Laf-Mir-337 Mml-Mir-337-as Mml-Mir-337-v1 Mmr-Mir-337-v1 Mmu-Mir-337 Mmu-Mir-337-as Ocu-Mir-337-as Ocu-Mir-337-v1 Pab-Mir-337 Rno-Mir-337 Rno-Mir-337-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021924.1: 131682138-131682197 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-337) |
Mir-770
CM021924.1: 131654447-131654508 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-493 CM021924.1: 131672486-131672548 [+] UCSC Ensembl Mir-337 CM021924.1: 131682138-131682197 [+] UCSC Ensembl Mir-431 CM021924.1: 131688487-131688550 [+] UCSC Ensembl Mir-433 CM021924.1: 131689358-131689431 [+] UCSC Ensembl Mir-127 CM021924.1: 131690462-131690517 [+] UCSC Ensembl Mir-432 CM021924.1: 131691960-131692028 [+] UCSC Ensembl Mir-136 CM021924.1: 131692180-131692235 [+] UCSC Ensembl Mir-370 CM021924.1: 131718304-131718360 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | UCCUAUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGCGACCGUAGUCAGUAGUUGGGGGGUGGGAACGGCUUCAUACAGGAGUUGAUGCACAGUUAUCCAGCUCCUAUAUGAUGCCUUUCUUCAUCCCUUCAACCACGCGCAGCCCCGGACCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUGCGACCGUAGUCAGUA- - -| C U C GAUGCAC GUUG GGGGGUG GGAA GGC UCAUA AGGAGUU \ CAAC UCCCUAC UCUU CCG AGUAU UCCUCGA A CCCAGGCCCCGACGCGCAC U U^ U U A CCUAUUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cja-Mir-337_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAACGGCUUCAUACAGGAGUU -21
Get sequence
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| Mature sequence | Cja-Mir-337_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CUCCUAUAUGAUGCCUUUCUUC -60
Get sequence
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