| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-370 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-370 Cfa-Mir-370 Cja-Mir-370 Cpo-Mir-370 Eca-Mir-370 Hsa-Mir-370 Mml-Mir-370 Mmr-Mir-370 Ocu-Mir-370 Pab-Mir-370 Rno-Mir-370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Boreoeutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Boreoeutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr12: 109618270-109618326 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-370) |
Mir-673
chr12: 109572004-109572066 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-493 chr12: 109580243-109580305 [+] UCSC Ensembl Mir-337-as chr12: 109585813-109585873 [-] UCSC Ensembl Mir-337 chr12: 109585818-109585871 [+] UCSC Ensembl Mir-540 chr12: 109586085-109586143 [+] UCSC Ensembl Mir-431 chr12: 109590459-109590522 [+] UCSC Ensembl Mir-433 chr12: 109591729-109591802 [+] UCSC Ensembl Mir-127 chr12: 109592854-109592909 [+] UCSC Ensembl Mir-434 chr12: 109594527-109594586 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v2 chr12: 109595331-109595386 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v1 chr12: 109595331-109595386 [+] UCSC Ensembl Mir-370 chr12: 109618270-109618326 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCUGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUACGAGUCCGGGGCCUAAGACGGAGAGACCAGGUCACGUCUCUGCAGUUACACAGCUCAUGAGUGCCUGCUGGGGUGGAACCUGGUUUGUCUGUCUGUCUGUCACCAUCGCUCGGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CUACGAGUCCGGGGCCUA--| G CA GU U U ACAGC AGACGGA AGACCAGGU C CUC GCAG UAC \ UCUGUCU UUUGGUCCA G GGG CGUC GUG U GGGCUCGCUACCACUGUCUG^ G AG UG U C AGUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mmu-Mir-370_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0017174 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGGUCACGUCUCUGCAGUUAC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-370-5p miRDB: MIMAT0017174 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmu-Mir-370_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0001095 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- GCCUGCUGGGGUGGAACCUGGU -57
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0001095 TargetScanVert: mmu-miR-370-3p miRDB: MIMAT0001095 |
