| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-540 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-540 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-540 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Rno-Mir-540 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Muridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Muridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr12: 109586085-109586143 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-540) |
Mir-770
chr12: 109563710-109563765 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-673 chr12: 109572004-109572066 [+] UCSC Ensembl Mir-493 chr12: 109580243-109580305 [+] UCSC Ensembl Mir-337-as chr12: 109585813-109585873 [-] UCSC Ensembl Mir-337 chr12: 109585818-109585871 [+] UCSC Ensembl Mir-540 chr12: 109586085-109586143 [+] UCSC Ensembl Mir-431 chr12: 109590459-109590522 [+] UCSC Ensembl Mir-433 chr12: 109591729-109591802 [+] UCSC Ensembl Mir-127 chr12: 109592854-109592909 [+] UCSC Ensembl Mir-434 chr12: 109594527-109594586 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v2 chr12: 109595331-109595386 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v1 chr12: 109595331-109595386 [+] UCSC Ensembl Mir-370 chr12: 109618270-109618326 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGUCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCCUGGUGGGACAUUCCCUGGGGCUGGGCCAAGGGUCACCCUCUGACUCUGUGGCCAAGGGUAGACAGGUCAGAGGUCGAUCCUGGGCCUACUCUGGGGCUCCUCCCACUGGGAUUCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCCCUGGUGGGACAUUC---| UG C A AC U GGCCA CC GGG UGGGCC AGGGUC CCUCUGAC CUGU A GG CUC AUCCGG UCCUAG GGAGACUG GACA G CCUUAGGGUCACCCUCCUCG^ GU - G CU - GAUGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mmu-Mir-540_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0004786 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAGGGUCACCCUCUGACUCUGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004786 TargetScanVert: mmu-miR-540-5p miRDB: MIMAT0004786 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmu-Mir-540_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0003167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AGGUCAGAGGUCGAUCCUGGGC -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003167 TargetScanVert: mmu-miR-540-3p miRDB: MIMAT0003167 |
