| MirGeneDB ID | Mmr-Mir-29-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmr-mir-29a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmr-Mir-29-P1b-v1 Mmr-Mir-29-P1d-v1 Mmr-Mir-29-P2b-v1 Mmr-Mir-29-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-29-P2b Agr-Mir-29-P2 Ami-Mir-29-P2b Asu-Mir-29-P2 Bfl-Mir-29-P2 Bla-Mir-29-P2 Bta-Mir-29-P2b Cbr-Mir-29-P2 Cel-Mir-29-P2 Cfa-Mir-29-P2b Cja-Mir-29-P2b Cli-Mir-29-P2b Cmi-Mir-29-P2b Cpi-Mir-29-P2b Cpo-Mir-29-P2b Cte-Mir-29-P2 Dgr-Mir-29-P2 Dma-Mir-29-P2 Dno-Mir-29-P2b Dpu-Mir-29-P2 Dre-Mir-29-P2b1 Eba-Mir-29-P2 Eca-Mir-29-P2b-v1 Esc-Mir-29-P2 Ete-Mir-29-P2b Gga-Mir-29-P2b Gja-Mir-29-P2b Gmo-Mir-29-P2b1 Gsp-Mir-29 Hru-Mir-29-P2 Hsa-Mir-29-P2b Laf-Mir-29-P2b Lch-Mir-29-P2b Lgi-Mir-29-P2 Lhy-Mir-29-P2 Llo-Mir-29-P2 Loc-Mir-29-P2b Mal-Mir-29-P2b1-v1 Mdo-Mir-29-P2b Mgi-Mir-29-P2 Mml-Mir-29-P2b Mmu-Mir-29-P2b Mom-Mir-29-P2 Mun-Mir-29-P2b Neu-Mir-29-P2b Npo-Mir-29-P2 Oan-Mir-29-P2b Obi-Mir-29-P2 Ocu-Mir-29-P2b Ofu-Mir-29-P2 Ovu-Mir-29-P2 Pab-Mir-29-P2b Pau-Mir-29-P2 Pbv-Mir-29-P2b Pcr-Mir-29-P2 Pdu-Mir-29-P2 Pfl-Mir-29-P2 Pmi-Mir-29-P2 Pve-Mir-29-P2 Rno-Mir-29-P2b Rph-Mir-29-P2 Sha-Mir-29-P2b Sko-Mir-29-P2 Sme-Mir-29-o2 Spt-Mir-29-P2b Spu-Mir-29-P2 Sto-Mir-29-P2b Tgu-Mir-29-P2b Tni-Mir-29-P2b1 War-Mir-29-P2 Xbo-Mir-29-P2 Xla-Mir-29-P2b3 Xla-Mir-29-P2b4 Xtr-Mir-29-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
CM007671.1: 20747173-20747232 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-29-P2b-v2) |
Mir-29-P1b-v1
CM007671.1: 20746458-20746521 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-29-P1b-v2 CM007671.1: 20746459-20746520 [+] UCSC Ensembl Mir-29-P2b-v1 CM007671.1: 20747173-20747232 [+] UCSC Ensembl Mir-29-P2b-v2 CM007671.1: 20747173-20747232 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Mmr-Mir-29-P2b-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAGCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCGCAUCCUCCUGUGACCCCUUAGAGGAUGACUGAUUUCUUUUGGUGUUCAGAGUCAAUAUAAUUUUCUAGCACCAUCUGAAAUCGGUUAUAAUGAUUGGGGAAGAGCACCAUGCAGCUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCGCAUCCUCCUGUGAC- UAGAGG-| UUU C UCAAU CCCU AUGACUGAUUUC UGGUGUU AGAG \ GGGG UAUUGGCUAAAG ACCACGA UCUU A GUCGACGUACCACGAGAA UUAGUAA^ UCU - UUAAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mmr-Mir-29-P2b-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUGAUUUCUUUUGGUGUUCAGAG -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmr-Mir-29-P2b-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0049131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CUAGCACCAUCUGAAAUCGGUUA -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Mmr-Mir-29-P2b-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCGCAUCCUCCUGUGACCCCUUAGAGGAUGACUGAUUUCUUUUGGUGUUCAGAGUCAAUAUAAUUUUCUAGCACCAUCUGAAAUCGGUUAUAAUGAUUGGGGAAGAGCACCAUGCAGCUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCGCAUCCUCCUGUGAC- UAGAGG-| UUU C GUCAAU CCCU AUGACUGAUUUC UGGUGUU AGA \ GGGG UAUUGGCUAAAG ACCACGA UCU A GUCGACGUACCACGAGAA UUAGUAA^ UCU - UUUAAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mmr-Mir-29-P2b-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUGAUUUCUUUUGGUGUUCAGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmr-Mir-29-P2b-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0049131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAGCACCAUCUGAAAUCGGUUA -60
Get sequence
|
