| MirGeneDB ID | Loc-Mir-205-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-205 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-205-P1 Loc-Mir-205-P4-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-205-P4 Ami-Mir-205-P4 Bta-Mir-205-P4 Cfa-Mir-205-P4 Cja-Mir-205-P4 Cli-Mir-205-P4 Cmi-Mir-205-P4 Cpi-Mir-205-P4 Cpo-Mir-205-P4 Dno-Mir-205-P4 Dre-Mir-205-P4a Eca-Mir-205-P4 Ete-Mir-205-P4 Gga-Mir-205-P4 Gja-Mir-205-P4 Gmo-Mir-205-P4a Gmo-Mir-205-P4b Hsa-Mir-205-P4 Laf-Mir-205-P4 Lch-Mir-205-P4 Mal-Mir-205-P4a Mal-Mir-205-P4b Mdo-Mir-205-P4 Mml-Mir-205-P4 Mmr-Mir-205-P4 Mmu-Mir-205-P4 Mun-Mir-205-P4 Neu-Mir-205-P4 Oan-Mir-205-P4 Ocu-Mir-205-P4 Pab-Mir-205-P4 Pbv-Mir-205-P4 Rno-Mir-205-P4 Sha-Mir-205-P4 Spt-Mir-205-P4 Sto-Mir-205-P4 Tgu-Mir-205-P4 Tni-Mir-205-P4a Xla-Mir-205-P4c Xla-Mir-205-P4d Xtr-Mir-205-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG3: 30391194-30391253 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-205-P4) |
Mir-205-P4
LG3: 30391194-30391253 [-]
Ensembl
Mir-205-P4-as LG3: 30391197-30391254 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCUUCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUUCUCUUCAGAAAUGUCCAUGAAUUCUAUCCUUCAUUCCACCGGAGUCUGUGUCUUUAACCAAUCAGAUUUCAGUGGUGUGAAGUGUAAGAGACAUGGAGCUCACUCGUCAGGAAGAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CUUUCUCUUCAGAAAUG--| AA UC UC U C UGUCUU UCCAUG U UA CUUCAU CCAC GGAGUCUG U AGGUAC A AU GAAGUG GGUG CUUUAGAC A UAGAAGGACUGCUCACUCG^ AG GA GU U A UAACCA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Dicer cut +1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Loc-Mir-205-P4_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCUUCAUUCCACCGGAGUCUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Loc-Mir-205-P4_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GAUUUCAGUGGUGUGAAGUGUA -60
Get sequence
|
