MirGeneDB ID | Cpi-Mir-205-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-205 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-205a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpi-Mir-205-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-205-P4 Ami-Mir-205-P4 Bta-Mir-205-P4 Cfa-Mir-205-P4 Cja-Mir-205-P4 Cli-Mir-205-P4 Cmi-Mir-205-P4 Cpo-Mir-205-P4 Dno-Mir-205-P4 Dre-Mir-205-P4a Eca-Mir-205-P4 Ete-Mir-205-P4 Gga-Mir-205-P4 Gja-Mir-205-P4 Gmo-Mir-205-P4a Gmo-Mir-205-P4b Hsa-Mir-205-P4 Laf-Mir-205-P4 Lch-Mir-205-P4 Loc-Mir-205-P4 Loc-Mir-205-P4-as Mal-Mir-205-P4a Mal-Mir-205-P4b Mdo-Mir-205-P4 Mml-Mir-205-P4 Mmr-Mir-205-P4 Mmu-Mir-205-P4 Mun-Mir-205-P4 Neu-Mir-205-P4 Oan-Mir-205-P4 Ocu-Mir-205-P4 Pab-Mir-205-P4 Pbv-Mir-205-P4 Rno-Mir-205-P4 Sha-Mir-205-P4 Spt-Mir-205-P4 Sto-Mir-205-P4 Tgu-Mir-205-P4 Tni-Mir-205-P4a Xla-Mir-205-P4c Xla-Mir-205-P4d Xtr-Mir-205-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584752: 3276917-3276975 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCUUCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAGUUAAGAAUGAUCCAUGAAUUCUGUUGUCCUUCAUUCCACCGGAGUCUGUCUCAUAACUAAUCAGAUUUCAGUGGAGUGAAGCACAAGAGACAUGGAGCUGAAUCAGCAACCAGAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGAGUUAAGAAUGAUCCAUGAAU--| G C C UCUCAU UCU UUGU CUUCAUUCCAC GGAGUCUG \ AGA AACA GAAGUGAGGUG CUUUAGAC A GAGACCAACGACUAAGUCGAGGUAC^ G C A UAAUCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There is a second Dicer cut +1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cpi-Mir-205-P4_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0037830 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCCUUCAUUCCACCGGAGUCUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cpi-Mir-205-P4_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0037831 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GAUUUCAGUGGAGUGAAGCACA -59
Get sequence
|