| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-205-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-205 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-205b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-205-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-205-P2 Ami-Mir-205-P2 Cli-Mir-205-P2 Cmi-Mir-205-P2 Gga-Mir-205-P2 Gja-Mir-205-P2 Pbv-Mir-205-P2 Pma-Mir-205-o2 Spt-Mir-205-P2 Sto-Mir-205-P2 Tgu-Mir-205-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584592: 638160-638218 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCUUCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGGCCACCCCAGUCCAUGGCUUGCUGGUGCCCUUCAUUCCACCGGAAUCUGUAGAGGCAGAAACCAGAUUUCAGUGUAAUGAAGCCCAUCAGACAUGGAAUUCAACUCCUCACCUUCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGGCCACCCCAGUCCAUGGCU- -| CC C C UAGAGG UG CUGGUG CUUCAUU CAC GGAAUCUG \ AC GACUAC GAAGUAA GUG CUUUAGAC C GCUUCCACUCCUCAACUUAAGGU A^ CC U A CAAAGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpi-Mir-205-P2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0037832 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCUUCAUUCCACCGGAAUCUG -22
Get sequence
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| Star sequence | Cpi-Mir-205-P2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GAUUUCAGUGUAAUGAAGCCCA -59
Get sequence
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