MirGeneDB ID | Ami-Mir-205-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-205 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-205b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Mir-205-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-205-P2 Cli-Mir-205-P2 Cmi-Mir-205-P2 Cpi-Mir-205-P2 Gga-Mir-205-P2 Gja-Mir-205-P2 Pbv-Mir-205-P2 Pma-Mir-205-o2 Spt-Mir-205-P2 Sto-Mir-205-P2 Tgu-Mir-205-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017709854.1: 27055204-27055262 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCUUCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGGUGACUGUGGUCCAUGGCUUUCUGGUGCCCUUCAUUCCACCGGAAUCUGUAGGGAUCAAAACCAGAUUUCAGUGAAAUGAAGCCCCUCAGACGUGGAAUUCAACCCCUGGCUUUUUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AAGGUGACUGUGGUCCAUGGCUU--| UGCC C C UAGGGA UCUGG CUUCAUU CAC GGAAUCUG \ AGACU GAAGUAA GUG CUUUAGAC U UUUUUCGGUCCCCAACUUAAGGUGC^ CCCC A A CAAAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut +1 on the 5p arm, assuming an ancestral Dicer cut. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Mir-205-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038230 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCCUUCAUUCCACCGGAAUCUG -22
Get sequence
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Star sequence | Ami-Mir-205-P2_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GAUUUCAGUGAAAUGAAGCCCC -59
Get sequence
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