MirGeneDB ID | Gga-Mir-205-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-205 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-205b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gga-Mir-205-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-205-P2 Ami-Mir-205-P2 Cli-Mir-205-P2 Cmi-Mir-205-P2 Cpi-Mir-205-P2 Gja-Mir-205-P2 Pbv-Mir-205-P2 Pma-Mir-205-o2 Spt-Mir-205-P2 Sto-Mir-205-P2 Tgu-Mir-205-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
1: 1908508-1908566 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCUUCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGAGAUACACUACUAGGGCCUUCCUGAUGCCCUUCAUUCCACCGGAAUCUGUCAGUGCAGAAACCAGAUUUCAGUGAAAUGAAGCCCAUCAGAGAGGCAGCUCAGCCUCUGGUCUCAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GUGAGAUACACUACUAGG--| UC CC C C UCAGUG GCCU CUGAUG CUUCAUU CAC GGAAUCUG \ CGGA GACUAC GAAGUAA GUG CUUUAGAC C UACUCUGGUCUCCGACUCGA^ GA CC A A CAAAGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gga-Mir-205-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0001164 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCCUUCAUUCCACCGGAAUCUG -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-205b miRDB: MIMAT0001164 |
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Star sequence | Gga-Mir-205-P2_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GAUUUCAGUGAAAUGAAGCCCA -59
Get sequence
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