MirGeneDB ID | Cli-Mir-205-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-205 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-mir-205a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cli-Mir-205-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-205-P4 Ami-Mir-205-P4 Bta-Mir-205-P4 Cfa-Mir-205-P4 Cja-Mir-205-P4 Cmi-Mir-205-P4 Cpi-Mir-205-P4 Cpo-Mir-205-P4 Dno-Mir-205-P4 Dre-Mir-205-P4a Eca-Mir-205-P4 Ete-Mir-205-P4 Gga-Mir-205-P4 Gja-Mir-205-P4 Gmo-Mir-205-P4a Gmo-Mir-205-P4b Hsa-Mir-205-P4 Laf-Mir-205-P4 Lch-Mir-205-P4 Loc-Mir-205-P4 Loc-Mir-205-P4-as Mal-Mir-205-P4a Mal-Mir-205-P4b Mdo-Mir-205-P4 Mml-Mir-205-P4 Mmr-Mir-205-P4 Mmu-Mir-205-P4 Mun-Mir-205-P4 Neu-Mir-205-P4 Oan-Mir-205-P4 Ocu-Mir-205-P4 Pab-Mir-205-P4 Pbv-Mir-205-P4 Rno-Mir-205-P4 Sha-Mir-205-P4 Spt-Mir-205-P4 Sto-Mir-205-P4 Tgu-Mir-205-P4 Tni-Mir-205-P4a Xla-Mir-205-P4c Xla-Mir-205-P4d Xtr-Mir-205-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold454: 2679550-2679609 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCUUCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGAAUCAGGACAAUCCAUGGGUUCUGUUGUCCUUCAUUCCACCGGAGUCUGUCUCAUACCUAAACCAGAUUUCAGUGGAGUGAAGUACGAGAGACAUGGAGAUGAAUCAGCAAGGAGAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGGAAUCAGGACAAUCCAUGGGU--| G C C UCUCAU UCU UUGU CUUCAUUCCAC GGAGUCUG A AGA AGCA GAAGUGAGGUG CUUUAGAC C GAGAGGAACGACUAAGUAGAGGUAC^ G U A CAAAUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There is a second Dicer cut +1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cli-Mir-205-P4_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038584 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCCUUCAUUCCACCGGAGUCUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cli-Mir-205-P4_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038585 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GAUUUCAGUGGAGUGAAGUACG -60
Get sequence
|