MirGeneDB ID | Lgi-Mir-96-P1h | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-96 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUUGGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | lgi-mir-96b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lgi-Mir-96-P1i Lgi-Mir-96-P2 Lgi-Mir-96-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-96-P1 Bfl-Mir-96-P1 Bla-Mir-96-P1 Bta-Mir-96-P1 Cfa-Mir-96-P1 Cgi-Mir-96-P1h Cin-Mir-96-P1 Cli-Mir-96-P1 Cmi-Mir-96-P1 Cpi-Mir-96-P1 Cpo-Mir-96-P1 Cte-Mir-96-P1 Dno-Mir-96-P1 Efe-Mir-96-P1 Esc-Mir-96-P1h Ete-Mir-96-P1 Gga-Mir-96-P1 Gja-Mir-96-P1 Hsa-Mir-96-P1 Isc-Mir-96-P1 Lan-Mir-96-P1 Lch-Mir-96-P1 Loc-Mir-96-P1 Mdo-Mir-96-P1 Mml-Mir-96-P1 Mmu-Mir-96-P1 Mun-Mir-96-P1 Npo-Mir-96-P1h Oan-Mir-96-P1 Ocu-Mir-96-P1 Ovu-Mir-96-P1h Pbv-Mir-96-P1 Pfl-Mir-96-P1 Pmi-Mir-96-P1 Rno-Mir-96-P1 Sha-Mir-96-P1 Sko-Mir-96-P1 Spt-Mir-96-P1 Spu-Mir-96-P1 Sto-Mir-96-P1 Tgu-Mir-96-P1 Xbo-Mir-96-P1 Xtr-Mir-96-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Mollusca | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_112: 69886-69944 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUGGUUUUCACUAUAAUGCGUAUGCAAUUAUUUGGCACUUGUGGAAUAAUCGGUAUAAAUAACAAGAUUAUACACCGGUGCCAAAUAACCGGUGGCGCUAAAUCAUCUAUACCAGAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUUGGUUUUCACUAUAAU--| A AA- U GA GGUAUA GCGU UGC UUAUUUGGCACU GUG AUAAUC A CGCG GUG AAUAAACCGUGG CAC UAUUAG A GAAGACCAUAUCUACUAAAU^ - GCC C A- AACAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Lgi-Mir-96-P1h_5p (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0009576 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUUUGGCACUUGUGGAAUAAUCG -23
Get sequence
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Star sequence | Lgi-Mir-96-P1h_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AUUAUACACCGGUGCCAAAUAA -59
Get sequence
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