MirGeneDB ID | Dre-Mir-138-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-138 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-mir-138-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dre-Mir-138-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-138-P2 Ami-Mir-138-P2 Bta-Mir-138-P2 Cfa-Mir-138-P2 Cja-Mir-138-P2 Cli-Mir-138-P2 Cmi-Mir-138-P2 Cpi-Mir-138-P2 Cpo-Mir-138-P2 Dno-Mir-138-P2 Eca-Mir-138-P2 Ete-Mir-138-P2 Gga-Mir-138-P2 Gja-Mir-138-P2 Gmo-Mir-138-P2 Hsa-Mir-138-P2 Laf-Mir-138-P2 Lch-Mir-138-P2 Loc-Mir-138-P2 Mal-Mir-138-P2 Mdo-Mir-138-P2 Mml-Mir-138-P2 Mmr-Mir-138-P2 Mmu-Mir-138-P2 Neu-Mir-138-P2 Oan-Mir-138-P2 Ocu-Mir-138-P2 Pab-Mir-138-P2 Pbv-Mir-138-P2 Pma-Mir-138-o2 Rno-Mir-138-P2 Sha-Mir-138-P2 Spt-Mir-138-P2 Sto-Mir-138-P2 Tgu-Mir-138-P2 Tni-Mir-138-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr18: 17580169-17580236 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCUGGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGUGAAUAAGAGAGAGGUGUGUGUGCUGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGAUGUCACACGUCAGCGAUAACCCGGCUAUUUCACAACACCAGGGUGGCACCACACCGCUGCCAACAGUGGAAAUCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGUGAAUAAGAGAGAG---| U UG AG UCA AUGUCACACG GUGUG GUGC C CUGGUGUUGUGAA GGCCG U CACAC CACG G GACCACAACACUU UCGGC C CUAAAGGUGACAACCGUCGC^ - GU G- UA- CCAAUAGCGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dre-Mir-138-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0001835 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCG -23
Get sequence
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Star sequence | Dre-Mir-138-P2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0031973 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
47- GCUAUUUCACAACACCAGGGU -68
Get sequence
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