MirGeneDB ID | Tgu-Mir-138-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-138 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tgu-mir-138-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tgu-Mir-138-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-138-P2 Ami-Mir-138-P2 Bta-Mir-138-P2 Cfa-Mir-138-P2 Cja-Mir-138-P2 Cli-Mir-138-P2 Cmi-Mir-138-P2 Cpi-Mir-138-P2 Cpo-Mir-138-P2 Dno-Mir-138-P2 Dre-Mir-138-P2 Eca-Mir-138-P2 Ete-Mir-138-P2 Gga-Mir-138-P2 Gja-Mir-138-P2 Gmo-Mir-138-P2 Hsa-Mir-138-P2 Laf-Mir-138-P2 Lch-Mir-138-P2 Loc-Mir-138-P2 Mal-Mir-138-P2 Mdo-Mir-138-P2 Mml-Mir-138-P2 Mmr-Mir-138-P2 Mmu-Mir-138-P2 Neu-Mir-138-P2 Oan-Mir-138-P2 Ocu-Mir-138-P2 Pab-Mir-138-P2 Pbv-Mir-138-P2 Pma-Mir-138-o2 Rno-Mir-138-P2 Sha-Mir-138-P2 Spt-Mir-138-P2 Sto-Mir-138-P2 Tni-Mir-138-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (TaeGut1_add) |
11: 4014425-4014492 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCUGGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGCGCCGCUGGCCCCGGUAUUGUUGCUGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGACGACAAGCGCUUCCUACAAUCCGGCUAUUUCACUACACCAGGGUUGCAUCAUACCACUCGCUUCGCUCUUCGCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGCGCCGCUGGCCCCG---| U U U AG U UCA ACGACAAGCG GUAU G UGC GC CUGGUGU GUGAA GGCCG C CAUA C ACG UG GACCACA CACUU UCGGC U CCGCUUCUCGCUUCGCUCAC^ - U U G- U UA- CUAACAUCCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tgu-Mir-138-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0014515 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCG -23
Get sequence
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Star sequence | Tgu-Mir-138-P2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0031021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
47- GCUAUUUCACUACACCAGGGU -68
Get sequence
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