MirGeneDB ID | Sto-Mir-138-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-138 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sto-Mir-138-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-138-P2 Ami-Mir-138-P2 Bta-Mir-138-P2 Cfa-Mir-138-P2 Cja-Mir-138-P2 Cli-Mir-138-P2 Cmi-Mir-138-P2 Cpi-Mir-138-P2 Cpo-Mir-138-P2 Dno-Mir-138-P2 Dre-Mir-138-P2 Eca-Mir-138-P2 Ete-Mir-138-P2 Gga-Mir-138-P2 Gja-Mir-138-P2 Gmo-Mir-138-P2 Hsa-Mir-138-P2 Laf-Mir-138-P2 Lch-Mir-138-P2 Loc-Mir-138-P2 Mal-Mir-138-P2 Mdo-Mir-138-P2 Mml-Mir-138-P2 Mmr-Mir-138-P2 Mmu-Mir-138-P2 Neu-Mir-138-P2 Oan-Mir-138-P2 Ocu-Mir-138-P2 Pab-Mir-138-P2 Pbv-Mir-138-P2 Pma-Mir-138-o2 Rno-Mir-138-P2 Sha-Mir-138-P2 Spt-Mir-138-P2 Tgu-Mir-138-P2 Tni-Mir-138-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01002806.1: 176549-176616 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCUGGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAUAAUUCAGAACUUGGUAUGGGUGCAGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGGUAAAAAGCAACUGCUACGAUCCGGCUAUUUCACAACACCAGGGUUGCAUCAUACCACUAUCUUCAAUGCAAGAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UUAUAAUUCAGAACUUG---| G AG UCA UAAAAAGCA GUAUGG UGCAGC CUGGUGUUGUGAA GGCCGG A CAUACU ACGUUG GACCACAACACUU UCGGCC C UAGAACGUAACUUCUAUCAC^ - G- UA- UAGCAUCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Sto-Mir-138-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGG -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Sto-Mir-138-P2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
46- GGCUAUUUCACAACACCAGGGU -68
Get sequence
|