| MirGeneDB ID | Dmo-Mir-87-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dmo-mir-87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dmo-Mir-87-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-87-P2 Aga-Mir-87-P2 Bge-Mir-87-P2a Bge-Mir-87-P2b Cbr-Mir-87-o2 Cel-Mir-87-o2 Csc-Mir-87-P2k Csc-Mir-87-P2l Cte-Mir-87-P2 Dan-Mir-87-P2-v1 Dgr-Mir-87-P2 Dlo-Mir-87-P2 Dme-Mir-87-P2-v1 Dsi-Mir-87-P2-v1 Dya-Mir-87-P2-v1 Gpa-Mir-87-P2-v1 Gsp-Mir-87 Hme-Mir-87-P2 Hru-Mir-87-P2 Isc-Mir-87-P2 Lan-Mir-87-P2 Lpo-Mir-87-P2c Lpo-Mir-87-P2d Lpo-Mir-87-P2e Lpo-Mir-87-P2f Lpo-Mir-87-P2g Lpo-Mir-87-P2h Lpo-Mir-87-P2i Lpo-Mir-87-P2j Mgi-Mir-87-P2 Ofu-Mir-87-P2 Pau-Mir-87-P2 Pve-Mir-87-P2 Sne-Mir-87 Snu-Mir-87-P2 Tca-Mir-87-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6500: 14729884-14729956 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-87-P2-v2) |
Mir-87-P2-v1
scaffold_6500: 14729884-14729956 [-]
Ensembl
Mir-87-P2-v2 scaffold_6500: 14729884-14729956 [-] Ensembl |
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| Variant | Dmo-Mir-87-P2-v2 |
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| Seed | GAGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGGAGCUAUCCUUAGCCGGCAUCUUUCAUUCGCGCCUGUAUCUUGCUGAACCGUUACAAUUGUCACAUCCAAAUCCGGUUGAGCAAAAUUUCAGGUGUGUGAGAAAUUUGUAGCGGUCUCAUCAAAGCAAAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGGAGCUAUCCUUAGCCG-- UC AUU U-| C G CGUUACAAUUGU GCA UUUC CGCGCCUG AU UUGCU AAC C UGU AAAG GUGUGGAC UA AACGA UUG A GAAACGAAACUACUCUGGCGA UU AGU UU^ A G GCCUAAACCUAC 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dmo-Mir-87-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGCGCCUGUAUCUUGCUGAAC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dmo-Mir-87-P2-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0008662 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
50- UGAGCAAAAUUUCAGGUGUGUGA -73
Get sequence
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| Variant | Dmo-Mir-87-P2-v1 |
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| Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGGAGCUAUCCUUAGCCGGCAUCUUUCAUUCGCGCCUGUAUCUUGCUGAACCGUUACAAUUGUCACAUCCAAAUCCGGUUGAGCAAAAUUUCAGGUGUGUGAGAAAUUUGUAGCGGUCUCAUCAAAGCAAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGGAGCUAUCCUUAGCCG-- UC AUU U-| C G GUUACAAUUGU GCA UUUC CGCGCCUG AU UUGCU AACC C UGU AAAG GUGUGGAC UA AACGA UUGG A GAAACGAAACUACUCUGGCGA UU AGU UU^ A G CCUAAACCUAC 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dmo-Mir-87-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGCGCCUGUAUCUUGCUGAACC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dmo-Mir-87-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008662 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
49- UUGAGCAAAAUUUCAGGUGUGUGA -73
Get sequence
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