| MirGeneDB ID | Cte-Mir-87-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-87a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cte-Mir-87-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-87-P2 Aga-Mir-87-P2 Bge-Mir-87-P2a Bge-Mir-87-P2b Cbr-Mir-87-o2 Cel-Mir-87-o2 Csc-Mir-87-P2k Csc-Mir-87-P2l Dan-Mir-87-P2-v1 Dgr-Mir-87-P2 Dlo-Mir-87-P2 Dme-Mir-87-P2-v1 Dmo-Mir-87-P2-v1 Dsi-Mir-87-P2-v1 Dya-Mir-87-P2-v1 Gpa-Mir-87-P2-v1 Gsp-Mir-87 Hme-Mir-87-P2 Hru-Mir-87-P2 Isc-Mir-87-P2 Lan-Mir-87-P2 Lpo-Mir-87-P2c Lpo-Mir-87-P2d Lpo-Mir-87-P2e Lpo-Mir-87-P2f Lpo-Mir-87-P2g Lpo-Mir-87-P2h Lpo-Mir-87-P2i Lpo-Mir-87-P2j Mgi-Mir-87-P2 Ofu-Mir-87-P2 Pau-Mir-87-P2 Pve-Mir-87-P2 Sne-Mir-87 Snu-Mir-87-P2 Tca-Mir-87-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_222: 219067-219151 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-87-P2) |
Mir-87-P2
CAPTEscaffold_222: 219067-219151 [-]
Ensembl
Mir-87-P1 CAPTEscaffold_222: 219605-219665 [-] Ensembl |
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| Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGGCUUUAGCGAGCGACAGUUCUUCAACGACGCCUGAAUUUUUGUCUCAGCCAAACGAUUAAAGAAAAUAGUUCCCUCCGCGGAGGGAUCUGGUGAGCAAAGUUUCAGGUGUGCUUGCGGACUGCACUGCCUUCUAAUGCGUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 GUGGCUUUAGCGAGCGA---| UU CG U U G AACGAUUAAAGAAAAUAG CAGUUC CAA ACGCCUGAA UUUUG CUCA CCA \ GUCAGG GUU UGUGGACUU GAAAC GAGU GGU U UUUGCGUAAUCUUCCGUCAC^ C- CG U - - CUAGGGAGGCGCCUCCCU 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cte-Mir-87-P2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGCCUGAAUUUUUGUCUCAGCCA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Cte-Mir-87-P2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009518 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
63- GUGAGCAAAGUUUCAGGUGUGC -85
Get sequence
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