| MirGeneDB ID | Dan-Mir-87-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dan-mir-87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-87-P2 Aga-Mir-87-P2 Bge-Mir-87-P2a Bge-Mir-87-P2b Cbr-Mir-87-o2 Cel-Mir-87-o2 Csc-Mir-87-P2k Csc-Mir-87-P2l Cte-Mir-87-P2 Dgr-Mir-87-P2 Dlo-Mir-87-P2 Dme-Mir-87-P2-v1 Dmo-Mir-87-P2-v1 Dsi-Mir-87-P2-v1 Dya-Mir-87-P2-v1 Gpa-Mir-87-P2-v1 Gsp-Mir-87 Hme-Mir-87-P2 Hru-Mir-87-P2 Isc-Mir-87-P2 Lan-Mir-87-P2 Lpo-Mir-87-P2c Lpo-Mir-87-P2d Lpo-Mir-87-P2e Lpo-Mir-87-P2f Lpo-Mir-87-P2g Lpo-Mir-87-P2h Lpo-Mir-87-P2i Lpo-Mir-87-P2j Mgi-Mir-87-P2 Ofu-Mir-87-P2 Pau-Mir-87-P2 Pve-Mir-87-P2 Sne-Mir-87 Snu-Mir-87-P2 Tca-Mir-87-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_12916: 13789788-13789859 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-87-P2-v1) |
Mir-87-P2-v1
scaffold_12916: 13789788-13789859 [-]
Ensembl
Mir-87-P2-v2 scaffold_12916: 13789788-13789859 [-] Ensembl |
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| Variant | Dan-Mir-87-P2-v1 |
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| Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGUGAAUCCUUUCAAGCGGCAUAUUUCAUUCGCGCCUGUAUCUUGCUGAACCGUUACCGAUAUGGCACAGAAUCCGGUUGAGCAAAAUUUCAGGUGUGUGAGAAAUUUGUUAAGCAAUCUUCAAAAGAUAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGUGAAUCCUUUCAAGC-- U AUU U-| C G GUUACCGAUAU GGCA AUUUC CGCGCCUG AU UUGCU AACC \ UUGU UAAAG GUGUGGAC UA AACGA UUGG G GAUAGAAAACUUCUAACGAA U AGU UU^ A G CCUAAGACACG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dan-Mir-87-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGCGCCUGUAUCUUGCUGAACC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dan-Mir-87-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008411 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
48- UUGAGCAAAAUUUCAGGUGUGUGA -72
Get sequence
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| Variant | Dan-Mir-87-P2-v2 |
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| Seed | GAGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGUGAAUCCUUUCAAGCGGCAUAUUUCAUUCGCGCCUGUAUCUUGCUGAACCGUUACCGAUAUGGCACAGAAUCCGGUUGAGCAAAAUUUCAGGUGUGUGAGAAAUUUGUUAAGCAAUCUUCAAAAGAUAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGUGAAUCCUUUCAAGC-- U AUU U-| C G CGUUACCGAUAU GGCA AUUUC CGCGCCUG AU UUGCU AAC \ UUGU UAAAG GUGUGGAC UA AACGA UUG G GAUAGAAAACUUCUAACGAA U AGU UU^ A G GCCUAAGACACG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dan-Mir-87-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGCGCCUGUAUCUUGCUGAAC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dan-Mir-87-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008411 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
49- UGAGCAAAAUUUCAGGUGUGUGA -72
Get sequence
|
