MirGeneDB ID | Cli-Mir-499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-499 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-mir-499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-499 Ami-Mir-499 Bta-Mir-499 Cfa-Mir-499 Cja-Mir-499 Cpi-Mir-499 Cpo-Mir-499 Dno-Mir-499 Dre-Mir-499-P1 Dre-Mir-499-P2 Ebu-Mir-499 Eca-Mir-499 Ete-Mir-499 Gga-Mir-499 Gja-Mir-499 Gmo-Mir-499-P1 Hsa-Mir-499 Laf-Mir-499 Lch-Mir-499 Loc-Mir-499 Mal-Mir-499-P1 Mdo-Mir-499 Mml-Mir-499 Mmr-Mir-499 Mmu-Mir-499 Mun-Mir-499 Oan-Mir-499 Ocu-Mir-499 Pab-Mir-499 Pbv-Mir-499 Pma-Mir-499 Rno-Mir-499 Sha-Mir-499 Spt-Mir-499 Sto-Mir-499 Tgu-Mir-499 Tni-Mir-499-P1 Xla-Mir-499-P3 Xla-Mir-499-P4 Xtr-Mir-499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold100: 2000109-2000168 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAGACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGGCUCCUUCACCUUUGAGAGAGCGGCAGUUAAGACUUGUAGUGAUGUUUAGAUAAUGUAUUACAUGAACAUCACUUUAAGUCUGUGCUACUUCUCUCCUCAUUCUUGUCGGCGGGAAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCGGCUCCUUCACCUUU- -| C C UA U GAUAAU GA GAGAG GG AGU AGACUUG AGUGAUGUUUA G CU CUCUC UC UCG UCUGAAU UCACUACAAGU U GAAGGGCGGCUGUUCUUA C^ U A UG U ACAUUA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cli-Mir-499_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038660 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUAAGACUUGUAGUGAUGUUUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cli-Mir-499_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038661 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AACAUCACUUUAAGUCUGUGCU -60
Get sequence
|