MirGeneDB ID | Aca-Mir-499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-499 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-499 Bta-Mir-499 Cfa-Mir-499 Cja-Mir-499 Cli-Mir-499 Cpi-Mir-499 Cpo-Mir-499 Dno-Mir-499 Dre-Mir-499-P1 Dre-Mir-499-P2 Ebu-Mir-499 Eca-Mir-499 Ete-Mir-499 Gga-Mir-499 Gja-Mir-499 Gmo-Mir-499-P1 Hsa-Mir-499 Laf-Mir-499 Lch-Mir-499 Loc-Mir-499 Mal-Mir-499-P1 Mdo-Mir-499 Mml-Mir-499 Mmr-Mir-499 Mmu-Mir-499 Mun-Mir-499 Oan-Mir-499 Ocu-Mir-499 Pab-Mir-499 Pbv-Mir-499 Pma-Mir-499 Rno-Mir-499 Sha-Mir-499 Spt-Mir-499 Sto-Mir-499 Tgu-Mir-499 Tni-Mir-499-P1 Xla-Mir-499-P3 Xla-Mir-499-P4 Xtr-Mir-499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
4: 135451083-135451142 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAGACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCUUCUCUGUUACUUGAGGGGGAGGCAGUUAAGACUUGCAGUGAUGUUUAGAAAAUUUACUACAUGAACAUCACUUUAAGUCUGUGCUACUUCUUUCCUUAUCUUGACUGCGGGAAGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUGCUUCUCUGUUACUU- -| C UA C GAAAAU GAGG GGGAGG AGU AGACUUG AGUGAUGUUUA U UUCC UUCUUC UCG UCUGAAU UCACUACAAGU U GGAAGGGCGUCAGUUCUA U^ A UG U ACAUCA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Aca-Mir-499_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0021980 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUAAGACUUGCAGUGAUGUUUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Aca-Mir-499_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0021981 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AACAUCACUUUAAGUCUGUGCU -60
Get sequence
|