MirGeneDB ID | Gmo-Mir-499-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-499 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-499 Ami-Mir-499 Bta-Mir-499 Cfa-Mir-499 Cja-Mir-499 Cli-Mir-499 Cpi-Mir-499 Cpo-Mir-499 Dno-Mir-499 Dre-Mir-499-P1 Ebu-Mir-499 Eca-Mir-499 Ete-Mir-499 Gga-Mir-499 Gja-Mir-499 Hsa-Mir-499 Laf-Mir-499 Lch-Mir-499 Loc-Mir-499 Mal-Mir-499-P1 Mdo-Mir-499 Mml-Mir-499 Mmr-Mir-499 Mmu-Mir-499 Mun-Mir-499 Oan-Mir-499 Ocu-Mir-499 Pab-Mir-499 Pbv-Mir-499 Pma-Mir-499 Rno-Mir-499 Sha-Mir-499 Spt-Mir-499 Sto-Mir-499 Tgu-Mir-499 Tni-Mir-499-P1 Xtr-Mir-499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_2467: 713678-713737 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAGACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUCCCUACCAACCAUCUCGGAGGGAGGCAGUUAAGACUUGCAGUGAUGUUUAGGGCAUUGAUCACAUGAACAUCACUUUAAGUCUGUGCUGGCUCCCCUCUCCAUCUACACCAUGGCAACGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GUCCCUACCAACCAUCUC--|GA G UA C GGGCAU G GGGAG CAGU AGACUUG AGUGAUGUUUA U C CCCUC GUCG UCUGAAU UCACUACAAGU G CAACGGUACCACAUCUACCU^UC G UG U ACACUA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gmo-Mir-499-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0044196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUAAGACUUGCAGUGAUGUUUA -22
Get sequence
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Star sequence | Gmo-Mir-499-P1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0044197 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AACAUCACUUUAAGUCUGUGCU -60
Get sequence
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