MirGeneDB ID | Ami-Mir-499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-499 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-499 Bta-Mir-499 Cfa-Mir-499 Cja-Mir-499 Cli-Mir-499 Cpi-Mir-499 Cpo-Mir-499 Dno-Mir-499 Dre-Mir-499-P1 Dre-Mir-499-P2 Ebu-Mir-499 Eca-Mir-499 Ete-Mir-499 Gga-Mir-499 Gja-Mir-499 Gmo-Mir-499-P1 Hsa-Mir-499 Laf-Mir-499 Lch-Mir-499 Loc-Mir-499 Mal-Mir-499-P1 Mdo-Mir-499 Mml-Mir-499 Mmr-Mir-499 Mmu-Mir-499 Mun-Mir-499 Oan-Mir-499 Ocu-Mir-499 Pab-Mir-499 Pbv-Mir-499 Pma-Mir-499 Rno-Mir-499 Sha-Mir-499 Spt-Mir-499 Sto-Mir-499 Tgu-Mir-499 Tni-Mir-499-P1 Xla-Mir-499-P3 Xla-Mir-499-P4 Xtr-Mir-499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017710541.1: 324420-324479 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAGACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGCUUCUUCGCCAUUGAGAGAGCGGCAGUUAAGACUUGCAGUGAUGUUUAGAUAAUGUAUUACAUGAACAUCACUUUAAGUCUGUGCUACUUCUCUCCUCACUCUUGACUGCGGGAAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GCAGCUUCUUCGCCAUU- -| C C UA C GAUAAU GA GAGAG GG AGU AGACUUG AGUGAUGUUUA G CU CUCUC UC UCG UCUGAAU UCACUACAAGU U GAAGGGCGUCAGUUCUCA C^ U A UG U ACAUUA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Mir-499_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUAAGACUUGCAGUGAUGUUUA -22
Get sequence
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Star sequence | Ami-Mir-499_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038302 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AACAUCACUUUAAGUCUGUGCU -60
Get sequence
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