| MirGeneDB ID | Cli-Mir-456 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-456 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cli-mir-456 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-456 Ami-Mir-456 Cmi-Mir-456 Cpi-Mir-456 Dre-Mir-456 Ebu-Mir-456 Gga-Mir-456 Gja-Mir-456 Gmo-Mir-456 Lch-Mir-456 Loc-Mir-456 Mal-Mir-456 Mun-Mir-456 Pbv-Mir-456 Pma-Mir-456 Sto-Mir-456 Tgu-Mir-456 Xla-Mir-456-P1 Xla-Mir-456-P2 Xtr-Mir-456 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold109: 2388553-2388613 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGCUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUAACUGCUGUGUGUGUGUGCGUGUGUGAGCAGGCAUCUUCUCAGCCUACACGUGGAUUCCUAAAUCUGCAGGCUGGUUAGAUGGUUGUCAUGCAUUCAUCUGAUAUCUGCUGAAAUUUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUAACUGCUGUGUGUGU--| C G G UC A CGUGGAU GUG GUGUGUGA CAG CAUCU UCAGCCU CA U UAC UACGUACU GUU GUAGA GGUCGGA GU C AUUUAAAGUCGUCUAUAGUC^ U - G UU C CUAAAUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cli-Mir-456_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCAGGCAUCUUCUCAGCCUACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cli-Mir-456_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038648 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAGGCUGGUUAGAUGGUUGUC -61
Get sequence
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