| MirGeneDB ID | Gja-Mir-456 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-456 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGCUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-456 Ami-Mir-456 Cli-Mir-456 Cmi-Mir-456 Cpi-Mir-456 Dre-Mir-456 Ebu-Mir-456 Gga-Mir-456 Gmo-Mir-456 Lch-Mir-456 Loc-Mir-456 Mal-Mir-456 Mun-Mir-456 Pbv-Mir-456 Pma-Mir-456 Sto-Mir-456 Tgu-Mir-456 Xla-Mir-456-P1 Xla-Mir-456-P2 Xtr-Mir-456 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015177062.1: 49611-49671 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAACUGUGUUUUGUGUGUGUGUGUGUGUGAGCAGGCAUCUUUUCAGCCUACAUGUGGAUUCCUAAAUCUGCAGGCUGGUUAGAUGGUUGUCAUACAUUCAUUUGAUAUCCACUUAAAUGUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAACUGUGUUUUGUGUGU--| U G G UU A UGUGGAU GUG GUGUGUGA CAG CAUCU UCAGCCU CA U UAC UACAUACU GUU GUAGA GGUCGGA GU C AUGUAAAUUCACCUAUAGUU^ U - G UU C CUAAAUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gja-Mir-456_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCAGGCAUCUUUUCAGCCUACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gja-Mir-456_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAGGCUGGUUAGAUGGUUGUC -61
Get sequence
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