MirGeneDB ID | Gga-Mir-456 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-456 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGGCUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-456 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-456 Ami-Mir-456 Cli-Mir-456 Cmi-Mir-456 Cpi-Mir-456 Dre-Mir-456 Ebu-Mir-456 Gja-Mir-456 Gmo-Mir-456 Lch-Mir-456 Loc-Mir-456 Mal-Mir-456 Mun-Mir-456 Pbv-Mir-456 Pma-Mir-456 Sto-Mir-456 Tgu-Mir-456 Xla-Mir-456-P1 Xla-Mir-456-P2 Xtr-Mir-456 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
3: 31551589-31551649 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUUAAGCUGCUGUGUGUGUGCGUGUGUGAGCAGGCAUCUUCUCAGCCUACAUGUGGAUUCCUAAAUCUGCAGGCUGGUUAGAUGGUUGUCAUGCAUUCAUCUGAUAACUGCUGAAUUUUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUUAAGCUGCUGUGUGU--| C G G UC A UGUGGAU GUG GUGUGUGA CAG CAUCU UCAGCCU CA U UAC UACGUACU GUU GUAGA GGUCGGA GU C AUUUUAAGUCGUCAAUAGUC^ U - G UU C CUAAAUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gga-Mir-456_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0026645 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCAGGCAUCUUCUCAGCCUACA -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-456-5p miRDB: MIMAT0026645 |
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Mature sequence | Gga-Mir-456_3p |
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mirBase accession | MIMAT0003777 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAGGCUGGUUAGAUGGUUGUC -61
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-456-3p miRDB: MIMAT0003777 |