MirGeneDB ID | Bta-Mir-362-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-362 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Mir-362-P1-v1 Bta-Mir-362-P3a-v1 Bta-Mir-362-P3b-v1 Bta-Mir-362-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-362-P4 Cja-Mir-362-P4 Cpo-Mir-362-P4 Dno-Mir-362-P4 Eca-Mir-362-P4 Ete-Mir-362-P4 Hsa-Mir-362-P4 Laf-Mir-362-P4 Mml-Mir-362-P4 Mmr-Mir-362-P4 Mmu-Mir-362-P4 Ocu-Mir-362-P4 Pab-Mir-362-P4 Rno-Mir-362-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037357.1: 87736674-87736732 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P4) |
Mir-188-P1
NC_037357.1: 87724748-87724806 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P2 NC_037357.1: 87725070-87725129 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P1-v1 NC_037357.1: 87732069-87732124 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P1-v2 NC_037357.1: 87732069-87732124 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v3 NC_037357.1: 87736191-87736252 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v2 NC_037357.1: 87736191-87736252 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3a-v1 NC_037357.1: 87736191-87736252 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 NC_037357.1: 87736674-87736732 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b-v1 NC_037357.1: 87737938-87737999 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3b-v2 NC_037357.1: 87737938-87737999 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 NC_037357.1: 87740093-87740151 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 NC_037357.1: 87742037-87742096 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCCUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUGAGCCUUCUUGUCUGCUCCCCCUCUCGAAUCCUUGGAACCUAGGUGUGAGUGCUGUUCUAGUGCAACACACCUAUUCAAGGAUUCAAAGAGGCUGAGCCUGGUCUACGUGGAGAAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUGAGCCUUCUUGUCU- CC C-| ACC AG UGUU GCUC CCUCU GAAUCCUUGGA UAGGUGUG UGC \ CGAG GGAGA CUUAGGAACUU AUCCACAC ACG C GAAGAGGUGCAUCUGGUC UC AA^ --- A- UGAU 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Bta-Mir-362-P4_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0009298 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUCCUUGGAACCUAGGUGUGAGUGC -26
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-362-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Co-mature sequence | Bta-Mir-362-P4_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0012548 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AACACACCUAUUCAAGGAUUCA -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-362-3p |