MirGeneDB ID | Ete-Mir-362-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ete-Mir-362-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-362-P4 Cfa-Mir-362-P4 Cja-Mir-362-P4 Cpo-Mir-362-P4 Dno-Mir-362-P4 Eca-Mir-362-P4 Hsa-Mir-362-P4 Laf-Mir-362-P4 Mml-Mir-362-P4 Mmr-Mir-362-P4 Mmu-Mir-362-P4 Ocu-Mir-362-P4 Pab-Mir-362-P4 Rno-Mir-362-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (echTel2) |
JH980365: 3859828-3859886 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P4) |
Mir-362-P6
JH980365: 3855392-3855450 [-]
UCSC
Mir-188-P3 JH980365: 3855815-3855873 [-] UCSC Mir-362-P4 JH980365: 3859828-3859886 [-] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCCUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUGAGCCUUCUUGUCUGCUCCCCCUCUCUAAUCCUUGGAACCUAGGUGUGAGUGUUGUUUCAAUGCAACACACCUAUUCAAGGAUUCAAAGAGGCUGAGCCUUGUCUUCACGUAGAAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCUGAGCCUUCUUGUCU- CC CU-| ACC A- GUUGU GCUC CCUCU AAUCCUUGGA UAGGUGUG GU \ CGAG GGAGA UUAGGAACUU AUCCACAC CG U GAAGAUGCACUUCUGUUC UC AAC^ --- AA UAACU 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ete-Mir-362-P4_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUCCUUGGAACCUAGGUGUGAGU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Co-mature sequence | Ete-Mir-362-P4_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AACACACCUAUUCAAGGAUUCA -59
Get sequence
|